全基因組關聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study， GWAS）是以連鎖不平衡（LD）為基礎下隧，利用全基因組范圍內(nèi)群體中高密度的分子標記奢人，鑒定與復雜性狀表型變異相關聯(lián)的分子標記，進而挖掘與表型相關基因的方法淆院。
關聯(lián)定位的優(yōu)勢：
- 利用長期進化過程中積累的重組信息何乎，分辨率高（人工群體除外）；
- 研究材料來源廣泛土辩，變異信息豐富支救；
- 節(jié)省時間。
關聯(lián)定位的缺點：
- 自然群體在長期的隨機交配中可能連鎖關系被打碎拷淘，尤其在異交比較頻繁的物種中各墨，因此需要的標記密度更高；
-
群體結構和遺傳背景復雜启涯，假陽性可能偏高贬堵。
關聯(lián)分析的基礎：連鎖不平衡（linkage disequilibrium, LD）
- 當位于某一座位的特定等位基因與另一座位的某一等位基因恃轩，同時出現(xiàn)的概率大于群體中因隨機分布的兩個等位基因同時出現(xiàn)的概率時，就稱這兩個座位處于連鎖不平衡狀態(tài)黎做。
- 兩個相鄰的基因A, B叉跛，它們的等位基因分別為a, b。后代群體中蒸殿，實際觀察到的單體型基因型AB筷厘，出現(xiàn)的概率為 D，即LD的基本單位宏所，度量觀察到的單倍型頻率與平衡狀態(tài)下期望頻率的偏差：
D= P（AB）= P（A）* P（B）酥艳， 則A, B獨立遺傳；
D= P（AB）≠ P（A）* P（B）楣铁，則A, B存在連鎖不平衡玖雁。
因為D的取值強烈地依賴于人為制定的等位基因頻率，所以它不利于LD程度的比較盖腕。標準化的不平衡系數(shù)D' 能夠避免這種對等位基因頻率的依賴赫冬。
D' 的計算方法如下：
D' =D/Dmax
當D<0, Dmax = max { -PAPB , -(1-PA)(1-PB）} ；
當D>0, Dmax = min { PA (1-PB）, (1-PA)PB} 溃列；
當D' =1劲厌，表示連鎖完全不平衡，沒有重組听隐；
當D' =0补鼻，表示連鎖完全平衡，隨機組合雅任，獨立遺傳风范。
但D' 也有它的局限性，比如當單倍型為兩種或三種時沪么，| D' |一定等于1硼婿，但是當| D' |<1時，D' 的值究竟表示多大程度的連鎖不平衡禽车，是很難做出準確判斷的寇漫。另外D' 嚴格依賴于樣品的大小，如果樣本偏少時殉摔，SNP數(shù)量比較少州胳，這樣算出來的D' 就會偏大，尤其是某個位點其中一個等位基因頻率很低時逸月，因此較高D' 背后栓撞，實際上可能是連鎖不平衡程度很低的兩個位點。因此引進r 2來表示LD碗硬，r 2的計算方法如下：
當r 2=1瓤湘，表示連鎖完全不平衡捌归，沒有重組；
當r 2=0岭粤，表示連鎖完全平衡，隨機組合特笋，獨立遺傳剃浇。
r 2和D' 是衡量LD的常用指標，關系如下：
- r 2包括了重組和突變猎物，而D' 只包括重組史虎囚；
- D' 能更準確地估測重組差異，但樣本較小時蔫磨，低頻率等位基因組合可能無法觀測到淘讥，導致LD強度被高估，所以D' 不適合小樣本群體研究堤如。
- LD衰減作圖中通常采用r 2來表示群體的LD水平蒲列；
- LD分析主要包括LD衰減距離分析和LD block分析，描述LD衰減情況時搀罢，通常用r 2，描述LD block時，可以用D' 也可以用r 2莫杈。
引用轉載請注明出處闹瞧，如有錯誤敬請指出。
