尋找ceRNA機(jī)制? 構(gòu)建關(guān)系網(wǎng)絡(luò)
????ceRNA機(jī)制是lnc/circRNA研究中最常見(jiàn)的機(jī)制之一凌彬，研究思路比較清晰，找到重要的lncRNA循衰，軟件預(yù)測(cè)結(jié)合的miRNA铲敛，而后預(yù)測(cè)miRNA結(jié)合的靶基因。通過(guò)高通量測(cè)序或者芯片我們可以找到幾百上千個(gè)差異表達(dá)的lnc/circRNA羹蚣、mRNA原探、miRNA。每個(gè)分子都可能通過(guò)該機(jī)制發(fā)揮作用。構(gòu)建所有重要分子的ceRNA網(wǎng)絡(luò)有助于發(fā)現(xiàn)重要分子咽弦，網(wǎng)絡(luò)中連接越多的分子徒蟆，功能越重要。
????或者型型，也可以先借助公共數(shù)據(jù)段审，篩選出差異表達(dá)的miRNA，mRNA闹蒜，lncRNA寺枉，而后在其中尋找重要的lncRNA或者miRNA設(shè)計(jì)課題，進(jìn)行研究绷落，將更有針對(duì)性姥闪。
1. 尋找miRNA與mRNA的靶向關(guān)系
首先預(yù)測(cè)miRNA與mRNA的關(guān)系，miRNA對(duì)mRNA的調(diào)控機(jī)制砌烁，研究的很多筐喳，目前有很多網(wǎng)站直接預(yù)測(cè)好兩者的關(guān)系。比如Targetscan中 人函喉、小鼠兩者關(guān)系的預(yù)測(cè)避归，不僅考慮miRNA與mRNA 3'UTR序列結(jié)合，同時(shí)考慮miRNA的物種保守性管呵，結(jié)合位點(diǎn)的物種保守性等梳毙。相比于其他預(yù)測(cè)，該網(wǎng)站預(yù)測(cè)結(jié)果具有開(kāi)放性（未經(jīng)實(shí)驗(yàn)證實(shí)）捐下，有繼續(xù)挖掘的潛力账锹。
我們可以得到如下結(jié)果：
(1)MiRBase ID：miRNA編號(hào)；(2)Gene ID：靶基因編號(hào)坷襟；(3)Gene Symbol：靶基因名字牌废；(4)Transcript ID：轉(zhuǎn)錄本ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)id；(5) Species ID：物種啤握，9606代表人；(6)UTR start：UTR比對(duì)位點(diǎn)起始位置晶框；(7)UTR end：UTR比對(duì)位點(diǎn)終止位置排抬；(8)MSA start：MSA比對(duì)位點(diǎn)起始位置；(9)MSA end：MSA比對(duì)位點(diǎn)終止位置授段；(10)Seed match：結(jié)合區(qū)域蹲蒲；(11)PCT：PCT得分；(12)status：Conserved代表保守的miRNA侵贵，Conserved_sites代表保守miRNA的保守位點(diǎn)
2. 尋找miRNA與lncRNA的結(jié)合關(guān)系
?然后届搁，我們預(yù)測(cè)miRNA與lncRNA的結(jié)合關(guān)系，兩者通常基于序列互補(bǔ)結(jié)合卡睦，以及結(jié)合的自由能宴胧。lncRNA序列較長(zhǎng)，可能與miRNA有多個(gè)結(jié)合位點(diǎn)表锻，可以選取結(jié)合位點(diǎn)較多的關(guān)系對(duì)恕齐，進(jìn)行驗(yàn)證。
(1)MicroRNA：與lncRNA有結(jié)合關(guān)系的miRNA瞬逊；(2)lncRNA：lncRNA显歧；(3)Tot Score：總得分；(4)Tot Energy：總能量确镊；(5)Max Score：最大得分士骤；(6)Max Energy：最大能量；(7)Strand：分析序列編號(hào)蕾域，無(wú)意義拷肌；(8)Len1：miRNA長(zhǎng)度；(9)Len2：lncRNA長(zhǎng)度束铭；(10)Positions：結(jié)合位置
3. 構(gòu)建關(guān)系網(wǎng)絡(luò)
????我們將miRNA-mRNA, miRNA-lncRNA關(guān)系對(duì)取交集廓块，繪制網(wǎng)絡(luò)圖，可以清晰的看出他們的調(diào)控關(guān)系契沫，同時(shí)了解哪些mRNA带猴， miRNA, lncRNA是核心分子，以便挑選驗(yàn)證懈万。
????綠色的菱形為miRNA拴清，紅色的三角形為lncRNA，藍(lán)色的圓形為與miRNA有結(jié)合關(guān)系的基因会通。
