平衡軌跡
all.trr: 25000-50000 50-100ns
不要隔幀取
- 先用
set A [atomselect top " ((((chain B or chain C or chain A or chain D) and (resid>=15 and resid<=295)) or chain E or chain F ) and name CA) or (nucleic and name P) "]
$A get index
選擇蛋白質(zhì)的alpha碳赐纱，和核酸的磷。把PCA用到的index得到茅逮，保存為PCA.ind
- 然后用
./catdcd -o PCA.dcd -i PCA.ind -first 25000 -last 50000 Cas1-Cas2-dualforked-DNA-nonwater.dcd
-o是輸出言缤，-i是輸入
得到PCA用到的dcd
- 用vmd把PCA.dcd轉(zhuǎn)換為PCA.trr
gmx covar -s PCA.pdb -f PCA.trr -o eigenvalues.xvg -v eigenvectors.trr -xpm cov.xpm -xpma covapic.xpm
gmx anaeig -f PCA.trr -s PCA.pdb -v eigenvectors.trr -first 1 -last 2 -2d 2d.xvg -extr extreme.pdb -proj proj.xvg
[index1,pc1_type1,pc2_type1] = textread('2d.xvg','%d%f%f');
plot(index1*2/1000+17,pc1_type1,'k-')
figure
plot(index1*2/1000+17,pc2_type1,'b-')
