聽了頡偉老師8.26晚上的一個關(guān)于近期工作的匯報，整理如下：
minor ZGA & major ZGA
minor ZGA的特點：雖然只是少量Gene開啟轉(zhuǎn)錄坑鱼，但轉(zhuǎn)錄量可以達(dá)到major的一半以上婚度，有promiscuous transcription凰盔，沒有表達(dá)產(chǎn)物。
minorZGA一般只轉(zhuǎn)錄不到100個基因（以Zscan4為典型）十酣，而majorZGA一般有2000多基因照瘾。
Questions
minor ZGA的基因是怎么激活的匈棘？
promiscuous transcription的生物學(xué)意義？
為什么受精后不直接進(jìn)入majorZGA（block minorZGA會導(dǎo)致胚胎沒法正常發(fā)育)
母源RNA的降解機(jī)制
早期母源基因組甲基化的去除這一事件是否與其他生物學(xué)事件网杆，如telomere的延長有關(guān)羹饰？
TADs
不同TAD的重要性可能是context-dependent伊滋，有的TAD破壞后會對基因表達(dá)產(chǎn)生影響
似乎從ZGA開始碳却，TAD就出現(xiàn)了：
體細(xì)胞核移植的胚胎，minor ZGA笑旺，TAD會不一樣嗎
cohesin與TAD形成密切相關(guān)昼浦，沒有cohesin，TAD消失筒主，且這個過程在SCNT中比較特別关噪，會促進(jìn)SCNT(可能是因為激活了minorZGA，后面figure會提到):
minor ZGA的關(guān)鍵作用乌妙，可以把minor ZGA理解成Pol II land到genome上的容錯機(jī)制
High-resolution time course
minor ZGA是體細(xì)胞核帶來的使兔，還是胚胎自己產(chǎn)生的？（是胚胎自己產(chǎn)生的藤韵，因為1細(xì)胞期的時候虐沥，minorZGA也并沒有發(fā)生）
cohesin的雙重作用，構(gòu)建TAD同時抑制minorZGA泽艘。但是欲险，TADs的構(gòu)建和minor ZGA的發(fā)生有直接關(guān)系嗎？是cohesin直接調(diào)控了minorZGA基因匹涮，還是一個間接結(jié)果天试？Auxin為cohesin阻斷劑
Pol II 可能是染色質(zhì)構(gòu)象主動的調(diào)控者？
Staac-seq: probing Pol II resetting
Pol II到底結(jié)合在什么地方?
Pol II結(jié)合的靶基因不對然低，它是怎么找到應(yīng)該要去的地方的喜每？
Pol II即使落在細(xì)胞核里务唐，一定和染色質(zhì)結(jié)合嗎？一定在做轉(zhuǎn)錄工作嗎灼卢？
Pol II的靶點切換绍哎，提前在minorZGA做好“熱身”(pre-configuration)，然后在majorZGA到來時鞋真，切換到正確的地方：
Pol II還和一些激活轉(zhuǎn)錄的marker關(guān)聯(lián)在一起
總結(jié)
My questions
頡偉老師答疑：
- promiscuous transcription的產(chǎn)物有沒有可能是一些非編碼RNA崇堰，然后這些非編碼RNA會和母源mRNA競爭翻譯機(jī)器，導(dǎo)致母源mRNA的降解為新生mRNA做準(zhǔn)備涩咖？
- 很有趣的想法海诲，我覺得是有可能的。一個簡單的實驗可能是block minor ZGA檩互，看看maternal RNA降解是否還能進(jìn)行特幔。我們暫時應(yīng)該還沒有做過這個實驗。另外promiscuous transcription沒有polyA闸昨，一般是不能起始翻譯的蚯斯，所以是否能競爭翻譯機(jī)器是需要檢測的。
- Auxin阻斷cohesin以后饵较，TAD的結(jié)構(gòu)被破壞同時minor ZGA的基因表達(dá)被repress拍嵌，在這里TAD和minor ZGA的基因表達(dá)調(diào)控有關(guān)系嗎？或者這種關(guān)系與細(xì)胞是否是SCNT有關(guān)
- degrade cohesin之后循诉，minor ZGA基因會被上調(diào)横辆，這種現(xiàn)象在mESC和分化細(xì)胞中也能看到。我覺的有可能與TAD有關(guān)系茄猫，我們正在研究這個問題狈蚤。
- 您提到Pol II可能也是染色質(zhì)構(gòu)象的調(diào)控者，這種對于某個特定因子是否參與local或者global染色質(zhì)調(diào)控划纽，您覺得可以怎么用實驗方法驗證脆侮？
- 我能想到的是可以降解Pol II，看看染色質(zhì)的狀態(tài)是否在較短時間內(nèi)發(fā)生改變（長時間會有secondary effect).
- 我一直有一個問題是勇劣，Hi-C可以尋找調(diào)控元件之間的相互作用靖避，ATAC-seq也可以用一些correlation的算法預(yù)測enhancer-promoter pairs，這兩種方法獲得的調(diào)控元件互作信息有什么區(qū)別呢芭毙，而且感覺研究人員經(jīng)常focus到enhancer或者TSS上筋蓖，但是很少關(guān)注insulator的信息，比如它們會阻斷一些遠(yuǎn)程相互作用的機(jī)制退敦。
- 這兩個方法都不太完美粘咖，有比較高的假陽性，重合度一般可能也不高侈百，尤其是Hi-C這么找出來的不太準(zhǔn)∥拖拢現(xiàn)在領(lǐng)域里經(jīng)常需要結(jié)合多種信息來最終驗證翰铡。insulator的信息也會參考（大體上可以結(jié)合CTCF與Hi-C信息）。準(zhǔn)確預(yù)測E-P pair還是領(lǐng)域里沒有完全解決的一個問題讽坏。
