環(huán)境：Linux version 5.4.119-20.0009.20 (mockbuild@builder1.x86.opencloudos.tech) (gcc version 8.5.0 20210514 (Red Hat 8.5.0-15) (GCC)) #1 SMP Mon Jan 9 13:11:31 CST 2023
1.安裝JAVA
https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/
下滑選擇JDK 8下載：
JDK 8安裝包下載.png
服務(wù)器新建文件夾：
mkdir java18
cd ./java18
安裝包上傳到服務(wù)器java18文件夾中屯耸，解壓縮
tar -zxvf jdk-8u391-linux-x64.tar.gz -C /home/usr/java18/
修改環(huán)境配置
#非root用戶
vim ~/.bashrc
#在最后添加以下內(nèi)容慕趴，路徑改為安裝包路徑
export JAVA_HOME=/home/usr/java18/jdk1.8.0_391
export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre
export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib
export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH
# “esc” :wq 保存退出
#source ~/.bashrc更新配置
#java -version查看是否安裝成功
image.png
2.下載beagle安裝包
https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html
下載beagle安裝包.png
上傳到服務(wù)器即可使用
java -jar beagle.22Jul22.46e.jar
image.png
3.數(shù)據(jù)預(yù)處理
#讀取文件
df_bim=pd.read_csv(r"./20230222-YY1821-5112id-auto-qc.bim",header=None,sep="\s+")
#去除重復(fù)位點
df_bim=df_bim.drop_duplicates(keep="first",subset=[0,3])
#取常染色體
df_bim=df_bim[(df_bim[0]>0)&(df_bim[0]<19)]
df_bim[[1]].to_csv(r"./autoxy47440.txt",header=None,index=None)
plink --bfile 20230222-YY1821-5112id-auto-qc --extract autoxy47440.txt --out 20230222-YY1821-5112id-auto --recode vcf
4.參考群
java -jar beagle.22Jul22.46e.jar gt=20230222-YY1821-5112id-auto.vcf out=20230222-YY1821-5112id-auto-f
輸出文件：20230222-YY1821-5112id-auto-f.vcf.gz
5.填充群
java -jar beagle.22Jul22.46e.jar ref=20230222-YY1821-5112id-auto-f.vcf.gz gt=randomauto1k_904.vcf out=randomauto_904-f
這里的參考群一定要預(yù)先質(zhì)控填充過，即Ref=的vcf文件中等位基因分隔符為“|”，而不是“/”
