高通量數(shù)據(jù)上傳SRA - 草稿 - 草稿

注:不同類(lèi)型數(shù)據(jù)上傳不同數(shù)據(jù)庫(kù)型奥,此處微生物多樣性的上傳SRA。測(cè)序報(bào)告書(shū)上有倍靡。

https://mp.weixin.qq.com/s/CUGkuaNnAZZ3W5IpPyaS-A

具體步驟看上邊鏈接

以下是彎路和細(xì)節(jié)補(bǔ)充:

官網(wǎng)NCBI猴伶,注冊(cè),注冊(cè)完一定要去郵箱信息激活>薄蜗顽!

頁(yè)面點(diǎn)擊My submission,下拉可以看到SRA三個(gè)字雨让,點(diǎn)進(jìn)去雇盖。new? submission.

接下來(lái)分為8個(gè)步驟。

第一步就是信息注冊(cè)栖忠。

第二步你已經(jīng)有bioproject和biosample了嗎崔挖,我沒(méi)有,選擇NO庵寞。釋放時(shí)間隨意狸相。后來(lái)可以再data? management中查看

第三步描述一下,類(lèi)似于論文題目摘要捐川,簡(jiǎn)短點(diǎn)脓鹃。

第四步類(lèi)型:此處選擇metagenome? and environmental? sample

第五步,容易報(bào)錯(cuò)古沥。樣本名字自己起瘸右,加一列ID? 123456……!!! 其他的按照上邊鏈接填寫(xiě) ,藍(lán)色黃色都至少填一個(gè)例如soil metagenome等

第六步按照上邊鏈接填寫(xiě)岩齿。我第一次沒(méi)按照上邊填寫(xiě)太颤,報(bào)錯(cuò)了。雙端盹沈,filenme? filename2填上龄章。我的Nts1.1 .fq? 另一端Nts1.2.fq。原始數(shù)據(jù)raw.split.fq要按照這個(gè)重新命名。雙端后綴.1.? .2.區(qū)分一下

上傳數(shù)據(jù)做裙,我是用的傻瓜上傳岗憋。就是網(wǎng)頁(yè)上點(diǎn)擊下載了Aspera軟件,然后菇用,點(diǎn)擊上傳澜驮,所有數(shù)據(jù)一起shift一起選中上傳了。我的總共4g惋鸥,上傳用了1小時(shí)。

補(bǔ)充:之后上傳了宏基因組數(shù)據(jù)悍缠,數(shù)據(jù)大卦绣,使用Aspera指令上傳

安裝好,找到安裝位置飞蚓,一般是loca之類(lèi)的滤港,然后把文件名Aspera connect中間的空格去掉。

好了趴拧,下一步利用cmd命令

可能用到的文章鏈接

https://blog.csdn.net/qq_40905198/article/details/101909201

cd C:\Users\18195\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect \bin

ascp -i C:\Users\18195\Downloads\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d C:\files\ subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/wangqian184_mails.ucas.ac.cn_sjSF4t59?

注意1 點(diǎn)擊key file溅漾,下載aspera文件


注意2 指令看他們界面給的,每次不一樣


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