[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線

一區(qū)Script Materialia期刊:多主元素合金中的短程有序域擴散一文煮寡,研究了CrCoNi合金和MoNbTa合金中原子的擴散過程滩援,文中有出現(xiàn)如下圖所示的原子運動軌跡線皱碘。這種原子運動軌跡線我們在研究擴散過程中常常會用到。

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圖參考自:Bin Xing, Xinyi Wang, William J. Short-range order localizing diffusion in multi-principal element alloys滤钱,Scripta Materialia, 2022

本文將介紹如何利用OVITO軟件再現(xiàn)文章的不同顏色的原子的軌跡圖

1拼弃、打開OVITO界面并且導(dǎo)入數(shù)據(jù)文件

2略号、選擇該原子模型的某一面官觅,我選擇的視角為(left)

3纵菌、開始將該原子面開始刪除為只包含一層原子的模型,先采用Expression selection休涤,并且在Boolean expression中選擇Position.X <=1

4咱圆、采用Invert selection 進(jìn)行反向選擇

5、采用Delete selected 將反選擇好的原子刪除掉,得到了只有一層原子面

6序苏、選擇Manual selection中的Pick對該原子表面的其中一個原子進(jìn)行標(biāo)定

7手幢,選擇Generate trajectory lines,選擇加載的原子軌跡為5000幀,加載完之后在Tracjectory display中修改軌跡的顏色以及線寬杠览,如下

得到該選定原子的5000幀之前的全部原子軌跡

8,若想得到其他原子不同顏色的軌跡弯菊,重復(fù)上述操作7,本次操作只選擇5種不同顏色的原子軌跡圖

由于所選擇的原子并非在原子表面移動踱阿,所以,根據(jù)實際情況而定钦铁,這樣就初步得到3個不同顏色的原子軌跡

9软舌、將這一層原子的顏色調(diào)整成一種顏色,(根據(jù)個人喜好來)牛曹,然后調(diào)整原子的半徑大小

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