在做gwas分析的時(shí)候扶踊，使用admixture計(jì)算的群體結(jié)構(gòu)泄鹏，選擇CV error最小的值作為最佳分群數(shù)，想用一張簡(jiǎn)單的折線圖表示出來秧耗，記錄一下自己的分析過程备籽。
require(ggplot2)
setwd("C:\\Users\\711\\Desktop\\) ## 更改工作路徑
list.files() ## 查看路徑下的文件
df <- read.table("./cv_error.txt",header = T,sep = "\t")
head(df)
p <- ggplot(data = df,mapping = aes(x=K,y=CV_error))+
geom_line(colour="cornflowerblue")+ ## 設(shè)置線條的顏色
geom_point(size=2,shape=20,color="cornflowerblue")+ ## 設(shè)置折點(diǎn)的顏色、形狀分井、大小
scale_x_continuous(name = "K",breaks = c(1:20))+ ## x軸名稱,間隔
scale_y_continuous(name = "CV error")+
theme_bw()+
theme(panel.background = element_blank(),panel.border = element_blank(),panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank(),axis.line = element_line("black",size =0.8 ),axis.text = element_text(face="bold", color="black", size=8),axis.title =element_text(size = 15, color = "black")
## 去除背景顏色车猬、網(wǎng)格線、設(shè)置坐標(biāo)軸刻度字體大小尺锚、粗細(xì)珠闰、顏色
CV_error.txt
折線圖
