寫在前面
大量物種的基因組被報道谈宛，越來越多的公開可獲取數(shù)據(jù)胎署，使得我們可以針對自己的生物學(xué)問題，開展基本的比較基因組分析恢筝。
鑒于此巨坊，有必要搞一個工作臺式的功能。
于是侄柔，我在飛機(jī)上寫了一個簡單的玩具（換句話說，黑油）移剪。
Comparative Genome Suite敢靡，簡稱 CGsuite。
CGsuite
盡管有一個不錯的名字啸胧，不過仍然是 TBtools 的插件... 這個插件最大的好處就是.... 數(shù)據(jù)只需要導(dǎo)入一次，后續(xù)分析（關(guān)了 TBtools 再重開）無需再導(dǎo)入纺念，總之就是好用。
要用插件烙博，第一步是安裝插件烟逊，與前述兩個插件類似，這個插件仍然為 .zip 包乔宿。
安裝插件....
查看插件
導(dǎo)入基因組數(shù)據(jù)
CGsuite 的使用相較于以往 TBtools 所有功能不同。分為兩步坝橡，第一步是導(dǎo)入基因組精置。（一次導(dǎo)入，終生可用....）
點擊 Import Species 即可調(diào)出菜單
按照要求設(shè)置輸入即可饲常，我準(zhǔn)備了三個物種的數(shù)據(jù)
導(dǎo)入水稻
點擊 Done 之后等待運行結(jié)束即可。
另外兩個物種政供，相同的操作導(dǎo)入即可
于是搞定
開始分析
CGsuite 進(jìn)行分析布隔，相對自由。直接雙擊左側(cè)的物種（或者可以直接自己在右側(cè)輸入一些物種拉丁學(xué)名招刨，只要他們在左側(cè)存在）哀军，即可設(shè)置待分析物種，比如杉适，看看 水稻和擬南芥的共線性情況
隨后點擊 Visulize猿推，等待 20s?或者兩三分鐘吧，具體看電腦蹬叭，尤其是硬盤∧醪椋總之筝蚕，很快會看到
同理起宽，可以看看 菠蘿和擬南芥的共線性情況
等上一會，又可以看到
也可以一次性設(shè)置....幾十上百個物種绿映，這里就用著三個吧
于是可以得到（注意腐晾，只要是分析過的共線性結(jié)果，目前的版本會重新讀取已有結(jié)果 - 換句話說淹冰，結(jié)果已經(jīng)被保存在某個位置....后續(xù)會開放數(shù)據(jù)庫路徑自定義）
圖片略丑巨柒，但這也是有原因的：
- 可以先過濾掉菠蘿基因組中的碎片柠衍，scaffole等珍坊，去掉擬南芥和水稻的質(zhì)體基因組
- 最好還是按照物種演化上親緣關(guān)系擺放顯得有趣些正罢，本文主要是為了快
當(dāng)然，這個功能是也是支持高亮基因的....比如....有些人習(xí)慣高亮某個家族翻具，看看這個家族在不同物種共線性區(qū)塊上的變化（復(fù)制？丟失虑乖？）
寫在最后
Emmm晾虑，暫時只是第一步。該睡覺了帜篇。
CGsuite 估計會是一個大工程笙隙。覺得有用的，趕緊打賞竟痰，不然就....還是繼續(xù)眾籌開發(fā)？
洗洗睡了
