視頻地址為： https://www.bilibili.com/video/av62588575/
這是我在嗶哩嗶哩上課程的文字稿版本食侮。我有點完美主義的傾向号涯，所以為了避免自己因為覺得自己某個部分的說話不利索，不清楚锯七，所以總是會寫稿子链快。
素材庫
這次課程的主題是生信入門必須學(xué)習(xí)的幾個Linux操作。
為什么要學(xué)習(xí)Linux
如果你要學(xué)習(xí)生物信息學(xué)眉尸，那么你一定要學(xué)會使用Linux域蜗。這是因為，絕大部分的生信軟件都需要運行在Linux平臺效五，并且有些時候地消，你會要用到服務(wù)器去處理大量的數(shù)據(jù)，而這些服務(wù)器幾乎都是Linux環(huán)境畏妖。
當(dāng)然脉执，你可以說，我可以用云平臺呀戒劫，畢竟現(xiàn)在很多公司都開發(fā)了云平臺半夷，我們拖拖拽拽就可以搞分析了呀婆廊。是的，現(xiàn)在的云平臺也來越成熟巫橄，使用體驗也很棒淘邻，我也很喜歡。不過我還是建議大家學(xué)Linux湘换，因為當(dāng)你學(xué)會Linux之后宾舅，你會變得更加自由，不再受限于別人的平臺彩倚，而且能讓日常工作變得高效起來筹我。
如何學(xué)習(xí)Linux
那么如何學(xué)習(xí)呢？通常你問別人如何學(xué)Linux的時候帆离，對方十有八九會給你推薦鳥哥的書蔬蕊，這沒啥毛病，因為我也是靠鳥哥的書入門的哥谷，那本書已經(jīng)被我翻成了這副模樣岸夯。
學(xué)習(xí)沒有捷徑，但是可以少走幾步路们妥。我們不需要精通Linux猜扮，成為Linux大牛，靠Linux吃飯监婶，我們只需要掌握一些基本操作破镰，搞得定日常基本操作就行压储。就像絕大部分人用Windows的時候，也不知道如何配置Windows里的環(huán)境變量源譬，但是一點不妨礙基本使用呀集惋。
通過我對自己平時操作的總結(jié)，我認(rèn)為學(xué)Linux起碼要掌握下面這三方面內(nèi)容踩娘。
- 操作遷移刮刑，就是把Windows上的常見操作都在Linux里找到對應(yīng)的操作
- TAB補(bǔ)全，不但可以讓你的操作更快养渴，而且還能讓你避免大部分的報錯
- 環(huán)境變量雷绢，學(xué)習(xí)Linux一定要理解環(huán)境變量，否則你就裝不好軟件理卑。
不過翘紊，最重要的是，你得先有一個Linux環(huán)境藐唠。我在嗶哩嗶哩上錄制了兩個視頻帆疟，教大家如何在Windows平臺上配置你的Linux環(huán)境鹉究，如何在Mac上配置Linux環(huán)境。
先看Vim視頻:
https://www.bilibili.com/video/av58673256
再配置Linux環(huán)境：Windows10/Linux: https://www.bilibili.com/video/av58541835
本次視頻的操作雖然是在mac上錄制踪宠，但是適用于大部分的Linux環(huán)境自赔，包括Ubuntu和CentOS，如果有什么問題柳琢，歡迎在留言區(qū)提問交流绍妨。
TAB補(bǔ)全
在演示Linux操作之前，我一定要先強(qiáng)調(diào)下tab補(bǔ)全的重要性柬脸，它是我認(rèn)為最重要的一個操作他去。
初學(xué)者在學(xué)習(xí)Linux的時候，最常見的狀態(tài)就是肖粮，按照教程內(nèi)容孤页，一個一個字符的敲。由于剛學(xué)習(xí)涩馆，敲代碼還不熟練行施，因此，十有八九會出現(xiàn)敲錯的情況魂那，那么結(jié)果就是代碼運行失敗蛾号。運行失敗怎么辦？可能也不會去看報錯涯雅，然后檢查自己的輸入鲜结，估計就是截圖或者拍照發(fā)到群里提問了。
因此活逆，在正式開始敲代碼之前精刷，大家先在鍵盤上找到tab，多敲幾次蔗候，感受到它的存在怒允。
后面，我還會不斷強(qiáng)調(diào)它锈遥，直到它刻在你的腦子里纫事。
操作遷移
接下來，我們來講講這次課程的主要內(nèi)容所灸，操作遷移丽惶。
我們在Windows上最常做的操作是什么呢？我覺得爬立，最常見的操作應(yīng)該是下面這些吧
- 瀏覽目錄
- 切換目錄
- 新建文件夾/刪除文件夾
- 新建文件/刪除文件
- 查看文本
- 了解資源使用情況
- 數(shù)據(jù)下載
- 安裝軟件
那么這些操作在Linux里的對應(yīng)命令是什么呢钾唬？我們先瀏覽一下命令，然后通過一個模擬的項目來一個個了解他們。
- 瀏覽目錄: ls
- 切換目錄: cd, pwd
- 新建文件夾/刪除文件夾: mkdir / rmdir / rm -r
- 新建文件/刪除文件: vim / rm
- 查看文本: less, head, tail, cat
- 了解資源使用情況: top
- 數(shù)據(jù)下載: wget / curl
- 安裝軟件: apt-get/yum/conda
那么這些命令應(yīng)該怎么用呢知纷？其實很簡單壤圃，就是輸入命令名，后面的參數(shù)琅轧，看情況加伍绳。強(qiáng)調(diào)一點，如果要用到參數(shù)乍桂，那么命令名和參數(shù)之間是需要空格分隔的冲杀。
我們以一個項目為例，去學(xué)習(xí)使用最常見的Linux命令睹酌。這個任務(wù)內(nèi)容如下
1, 在家目錄下創(chuàng)建文件夾竖慧，名為 abc
2, 將abc重命名為 study
3, 下載擬南芥的注釋GFF文件之景， 解壓縮
4, 使用less查看文件內(nèi)容
5, 刪除gff 文件
6, 刪除 study文件夾
具體操作閱讀原文看我的視頻慧库。大約在5分20秒處
環(huán)境變量
環(huán)境變量也是Linux學(xué)習(xí)中非常重要的知識點季稳，不了解他甚至都不能用好軟件。
不過環(huán)境變量屬于哪種你不知道辐啄，你覺得很高級采章，一旦知道后，卻發(fā)現(xiàn)很簡單的存在壶辜。其實我們從小學(xué)或者初中開始就通過數(shù)學(xué)了解到它悯舟。比如說x + 3 =5， x+ 4=5砸民，其中的x就是變量抵怎，就是會變的量。
在計算機(jī)里岭参，它就用來存儲其他的值一個名字反惕，相當(dāng)于一個中介。
變量有可以分為環(huán)境變量和局部變量演侯，環(huán)境變量就是比局部變量作用更廣泛的一個變量承璃。舉個例子，當(dāng)我說到愛因斯坦這個名字時蚌本，這會讓你想到的是一個物理學(xué)家，但是如果你家里有一只貓隘梨，它也叫愛因斯坦程癌，他就是一個局部變量。局部變量可以覆蓋環(huán)境變量轴猎。
接下來我們將會通過一個例子嵌莉，通過PATH這個環(huán)境變量來理解。
- 查看環(huán)境變量PATH
- 新建一個目錄存放軟件
- 將目錄加入環(huán)境變量PATH
- 下載軟件
- 給軟件添加執(zhí)行權(quán)限
- 測試軟件
具體操作閱讀原文看我的視頻捻脖。在15分鐘的時候锐峭。
對于入門而言中鼠，知道的越少越好，因為細(xì)節(jié)無窮無盡沿癞。你先要上手援雇，會敲命令了。那么后期繼續(xù)深入反而就只是時間問題了椎扬。
之后惫搏，我會更新一系列入門提高的視頻，介紹Linux的各種細(xì)節(jié)蚕涤，比如說筐赔，
- 括號的用法
- 變量操作
- shell腳本
- ...
視頻我傳到了嗶哩嗶哩，假如你不喜歡嗶哩嗶哩揖铜，想要下載我的2880 x 1800（大約3G）的視頻茴丰，相信我，你嗶哩嗶哩已經(jīng)夠高清了天吓，你真的不需要20分鐘3G的視頻贿肩。
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