Comparative analysis of the domestic cat genome reveals genetic signatures underlying feline biology and domestication
2014 年發(fā)表在 Comparative Study 上骚秦。通訊作者為德州農(nóng)工大學(xué) Department of Veterinary Integrative Biosciences 的 William J Murphy 和華盛頓大學(xué) The Genome Institute 的 Wesley C Warren。第一作者為 Michael J Montague溪椎。
研究者們組裝了一個高質(zhì)量的家貓參考基因組响驴，并比較了家貓不同品系平痰、野貓、以及其他哺乳動物，鑒定出了一些受正選擇的基因浅浮，尤其是與脂質(zhì)代謝有關(guān)的基因秕硝，這些基因與完全肉食性（hypercarnivorous diet）適應(yīng)有關(guān)芥映。與感官相關(guān)的基因，特別是與視覺和聽覺相關(guān)的基因在食肉動物支系中也檢測到了正選擇信號。觀察到了貓和狗身上嗅覺功能與犁鼻器受體的 evolutionary tradeoff奈偏，貓科動物化學(xué)感受系統(tǒng)能更好地感受到信息素坞嘀，但是對于氣味的檢測功能變低了。
比較家貓與野貓惊来，發(fā)現(xiàn)家貓選擇信號集中在神經(jīng)嵴相關(guān)基因上丽涩，在小鼠實(shí)驗(yàn)中，這些基因被證明與行為和獎勵有關(guān)裁蚁，這與馴化典型表現(xiàn)假說（domestication syndrome hypothesis）有關(guān)矢渊。研究還鑒定了一個與伯曼貓白手套性狀有關(guān)的等位基因，這進(jìn)一步支持了品種貓?jiān)陔S機(jī)出現(xiàn)的特定變異上受到強(qiáng)選擇的假說厘擂。
正文
選擇分析使用的是 dn/ds昆淡。比較了貓、虎刽严、狗昂灵、牛、人類中清楚地注釋了的基因舞萄，共 10317 個蛋白質(zhì)編碼基因眨补。使用 two-branch model 和 branch-site model，鑒定出了數(shù)百個可能在食肉動物祖先支系中受正選擇的基因倒脓。對這些基因撑螺，分析氨基酸改變對蛋白質(zhì)的影響，發(fā)現(xiàn)這些基因中大部分都含有能顯著影響蛋白質(zhì)功能的替換崎弃。
在人類中與聽覺甘晤、視覺的一些基因上，在貓科動物中檢測到了上升的 dn/ds 值饲做。
研究中還使用了 pooled sequencing线婚。
