? ? 在論文Assessment of helical interfaces in protein–protein interactions中提到喉钢，蛋白復合物的結合區(qū)域蟋恬，有較大比例存在alpha helix結構净刮，為此該文作者利用Rosetta笋鄙，將PDB數(shù)據(jù)庫中蛋白復合物結合區(qū)域的alpha helix結構進行了鑒定杯拐，方法介紹如下所示：
1）PDB數(shù)據(jù)庫中蛋白復合物的下載；
2）作者寫的perl腳本將蛋白符合的pdb文件進行了拆分血巍，形成1對1的chain組合萧锉，且每條chain屬于不同蛋白，這個操作步驟主要是蛋白經(jīng)常由多條鏈組成述寡；
3）利用Rosetta確定兩個蛋白的interface residues（個人嘗試用InterfaceAnalyzer.mpi.linuxclangrelease進行了測試）柿隙，隨后比較interface residuces和secondary structure的residuces（在PDB文件中有個HELIX、SHEET鲫凶、TURN等二級結構的描述）禀崖，以判斷residues位于helix區(qū)域（文中提到它用了兩個判斷策略），根據(jù)個人查到的信息掀序，Rosetta提供了SecondaryStructureSelector去選擇位于helix帆焕、sheet 等不同二級結構的氨基酸（中文介紹可參考ResidueSelectors的類型與用法 - 知乎 (zhihu.com)）（英文介紹材料參考https://www.rosettacommons.org/docs/latest/scripting_documentation/RosettaScripts/ResidueSelectors/ResidueSelectors#residueselectors_conformation-dependent-residue-selectors_secondarystructureselector）。
? ? ? ?實際研究中，可直接根據(jù)文章提供的附件結果去選擇對應的區(qū)域進行多肽的設計和改造叶雹。這是該作者2009年發(fā)表的文章财饥，其在2010年和2011年分別以這此方法和結果為基礎，做了相應的結果更新和更多應用探討（Systematic Analysis of Helical Protein Interfaces Reveals Targets for Synthetic Inhibitor折晦、Assessing Helical Protein Interfaces for Inhibitor Design）钥星。
