三十六策 第 15 策 一元三形
分子+分子+分子
內(nèi)在要解決的二元搭配邏輯關(guān)系只有 4 種：
已知藥物怎么找分子
已知藥物怎么找通路
已知分子怎么找通路
已知分子怎么找上下游的分子愉适。
先下后上，即先做下游维咸，后做上游。
主變量介導(dǎo)表型的單變量癌蓖，加上主變量調(diào)節(jié)下游因變量和上游因變量調(diào)節(jié)主變量的 2 組調(diào)控關(guān)系，再加上圍繞主變量的 2 組Rescue租副，還有上下游分子間直接作用機(jī)制的 2 組模式，一共 7 條结胀。
例子
在特定疾病中老鼠可消耗大米導(dǎo)致人出現(xiàn)饑餓的表型，而貓這個(gè)變量可顯著抑制這一 效應(yīng)糟港。這很顯然是三元變量，上游分子設(shè)定為貓秸抚，中間這個(gè)主變量分子是老鼠，下游這個(gè)分子設(shè)定為大米耸别，表型是人餓不餓。
研究的背景是秀姐，疾病中大量研究已經(jīng)表明米的多少和人會(huì)不會(huì)挨餓的表型是密切相關(guān)的，研究者的創(chuàng)新發(fā)現(xiàn)是老鼠跟人餓不餓有關(guān)系痒留。
這是單變量研究，把<u style="box-sizing: border-box;">鼠過表達(dá)以及沉默</u>蠢沿，觀察人餓不餓的<u style="box-sizing: border-box;">表型</u>伸头。第一步先得到結(jié)論，老鼠能夠促進(jìn)人饑餓舷蟀。（表達(dá)差異恤磷，正反回復(fù)，細(xì)胞動(dòng)物）
第二步先下后上野宜，先往下游走證明鼠跟米有調(diào)控關(guān)系扫步。具體做法是增加老鼠，檢測大米匈子，果然大米變少了河胎，結(jié)合之前的研究結(jié)果這時(shí)候人是餓的，那么推論是老鼠可能通過調(diào)節(jié)大米影響人餓的表型虎敦。（這里鼠的一正一反可以簡化論證游岳，研究的是二元變量間的調(diào)控作用，證明了老鼠跟大米有關(guān)系胚迫。）
第三步往上走访锻，證明貓跟鼠的關(guān)系通贞。加貓或者減貓選一個(gè)操作觀察老鼠的變化恼五，順帶還要檢測米的變化。這里做上游的時(shí)候也需要驗(yàn)證一下下游變量的變化趨勢(shì)是否一致茎用，才比較合乎邏輯要求轨功。
三步做完，下面還有兩步Rescue垂券。Rescue也可以簡化論證只做一邊羡滑。
先做下游環(huán)節(jié)的回復(fù)，可以沉默鼠加沉默米凳宙，觀察人餓不餓的表型氏涩。因?yàn)槔鲜髮?duì)米是負(fù)調(diào)節(jié)作用有梆，沉默鼠的情況下，米是增加的析砸，這時(shí)候rescue應(yīng)該沉默鼠+沉默米首繁。圍繞主變量做對(duì)疾病有治療效果的方向陨囊，比如沉默鼠就有利于緩解人餓的表型，那么優(yōu)先用沉默主變量的策略做 rescue胁塞，這在邏輯上更完美啸罢。
另外一組Rescue是針對(duì)上游的胎食，加貓進(jìn)去同時(shí)加一批老鼠，看大米的變化并觀察人餓表型衩匣。推薦用加貓策略，因?yàn)樨埡褪笠彩秦?fù)調(diào)節(jié)關(guān)系生百，加貓同時(shí)加鼠是Rescue柄延。前面一步rescue對(duì)主變量用了減鼠策略搜吧，這一步rescue對(duì)主變量用加鼠策略，這樣就有一正一反的雙向rescue驗(yàn)證效果秕衙，這在邏輯上也會(huì)更完美
主變量居中据忘，下游一個(gè)因變量搞糕，上游一個(gè)因變量，兩個(gè)因變量圍繞主變量解答從哪來到哪去的問題汉规，這是標(biāo)準(zhǔn)的三元結(jié)構(gòu)驹吮。在多元變量里碟狞，圍繞主變量的三元才是真正的邏輯核心，其他內(nèi)容都是支線劇情频祝，主次有別脆淹、化繁為簡。
看到文章
先把主變量識(shí)別出來漓糙，一篇文章有且只有一 個(gè)主變量兼蜈，這是邏輯要點(diǎn)拙友。
圍繞這個(gè)主變量遗契，誰是它的直接下游?或者說最近的間接下游; 誰是它的上游?其他的上游的上游、下游的下游漾根，統(tǒng)統(tǒng)劃歸支線任務(wù)鲫竞，可以采取簡化的論證模式來處理从绘。
支線只需要驗(yàn)證調(diào)控關(guān)系，一般不做 Rescue;
如果是已有報(bào)道的變量關(guān)系陕截，常規(guī)引用文獻(xiàn)就可以了农曲， 可以省略論證步驟驻债。
基因的表達(dá)調(diào)控具體分為五個(gè)層次:
DNA 水平;
轉(zhuǎn)錄水平也就是 RNA 水平;
轉(zhuǎn)錄后水平因?yàn)?RNA 有修飾合呐、剪切;
翻譯水平，也就是蛋白水平;
翻譯后水平青扔，也就是蛋白翻譯后的修飾調(diào)控微猖。
五個(gè)水平都可以最終引起蛋白功能的改變缘屹，不是只有表達(dá)高了低了才有功能變化， mRNA 和蛋白的構(gòu)象改變犁珠、加基團(tuán)修飾、形成復(fù)合體余素，都可以引起功能的隨之改變桨吊。所以當(dāng)思考一個(gè)分子介導(dǎo)的功能凤巨，上游有什么驅(qū)動(dòng)因素的時(shí)候，可以從 5 個(gè)層次來梳理佑淀，都是有可能走通的彰檬。如果研究的主變量是一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，就會(huì)想著找下游能結(jié)合的啟動(dòng)子;當(dāng)?shù)闹髯兞渴且粋€(gè)miRNA奕枝，就會(huì)想著找目的基因的3’UTR;當(dāng)主變量是個(gè)激酶或者磷酸酶隘道，就會(huì)想著找下游蛋白磷酸化或者去磷酸化調(diào)控位點(diǎn)郎笆。了解主變量的分子類型是很重要的，類型決定了機(jī)制研究的方向和套路激捏。
梳理
看一篇基礎(chǔ)研究的文章能發(fā)多高
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第一個(gè)判斷標(biāo)準(zhǔn)是有機(jī)制還是沒機(jī)制远舅，這是三分上下的分界線痕钢。
- 如果是單變量無機(jī)制的研究任连，就算主變量非常的創(chuàng)新，工作量很扎實(shí)繁涂，數(shù)據(jù)有來自于標(biāo)本的二驰、細(xì)胞的诸蚕、動(dòng)物的全都做到位了背犯，過三分也還是很難漠魏，沒有量變到質(zhì)變。
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機(jī)制研究是上三分的門檻妄均，其中最簡單的機(jī)制是通路間接作用柱锹，二元變量關(guān)系丰包，這種邏輯層次發(fā)文的區(qū)間在3-6分，跨度還是不小的邑彪，因?yàn)檫^沒過5分看起來有明顯的代差。
在這個(gè)區(qū)間里具體落在什么位置寄症，要看文章的創(chuàng)新能力和數(shù)據(jù)完整度。
比如主變量不是很新穎释漆，跟表型的關(guān)系之前在別的疾病有過報(bào)道男图，移植過來后表型重復(fù)一下機(jī)制找別人沒有報(bào)道過通路享言，數(shù)據(jù)幾個(gè)維度都做到位览露，那么大概是4分差牛，過5分很難但上3分是穩(wěn)的。
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想穩(wěn)定地達(dá)到五分以上脐恩，研究中一定要涉及變量間的直接調(diào)控機(jī)制侦讨，主要是分子調(diào)節(jié)分子的內(nèi)容韵卤。
- 分子機(jī)制足夠深入細(xì)致的情況下需忿，哪怕主變量與表型的關(guān)系并非原創(chuàng)蜡歹，也一樣可以發(fā)到高分。
七八分月而、十來分這種某領(lǐng)域內(nèi)權(quán)威的期刊上有很多這樣的套路文章父款。數(shù)據(jù)詳實(shí)溯香，工作量大玫坛，機(jī)制做得深包晰，機(jī)制的內(nèi)容是完全原創(chuàng)的，這樣的做法也能到一階文獻(xiàn)頂峰甚至跨入二階勉痴。
評(píng)價(jià)一篇文章水平高低有4條邏輯標(biāo)準(zhǔn):
主變量創(chuàng)新蒸矛，主要是跟表型之間沒有報(bào)道雏掠，是完全沒有線索的原創(chuàng)還是已經(jīng)有其他研究提示可以推測得到的微創(chuàng)新乡话，在質(zhì)量上明顯不同;
機(jī)制創(chuàng)新摧玫，涉及主變量和因變量之間的調(diào)控關(guān)系是否別人已經(jīng)報(bào)道诬像，好文章這一點(diǎn)必須原創(chuàng)，不能借鑒;
機(jī)制的深度坏挠，是間接還是直接癞揉，間接的瓶頸就是5分上下，而直接可以從5分起步;
數(shù)據(jù)的規(guī)范性姐刁，是否該做的實(shí)驗(yàn)都做到了，沒有偷懶柏靶。同一個(gè)問題用不同的實(shí)驗(yàn)相互佐證屎蜓，推導(dǎo)結(jié)論的證據(jù)做得嚴(yán)謹(jǐn)可靠，符合套路規(guī)范炬转。一句話:創(chuàng)新和工作量缺一不可算灸。
總結(jié)
以貓-鼠-米為例菲驴，探討了7個(gè)步驟的三元變量論證模式。貓可以調(diào)鼠沐旨，鼠可以調(diào)米磁携，貓可以調(diào)米，這是兩兩組合的三步统诺。然后是兩步Rescue:1)貓鼠雙操作粮呢，看表型;2)鼠米雙操作，看表型挺物，這就5步了。還有兩步痴昧，探討貓和鼠的調(diào)控細(xì)節(jié);鼠和米的調(diào)控細(xì)節(jié)版确。具體到貓和鼠侵歇，或者鼠和米這種分子間直接相互作用的時(shí)候坟冲，要從5個(gè)水平來考慮套哪一種調(diào)控模板，有基因水平DNA、轉(zhuǎn)錄水平RNA统刮、翻譯水平蛋白暗膜、以及轉(zhuǎn)錄后和翻譯后的5個(gè)層次论衍，都能對(duì)基因表達(dá)和功能產(chǎn)生影響钉凌。這其中上游分子是RNA還是蛋白矢沿，以及它調(diào)節(jié)的靶分子是在DNA，還是RNA愁溜，或者蛋白水平，研究的方法是不一樣的论悴，要分門別類加以整理和學(xué)習(xí)。
