Integrative Genomics Viewer(IGV)是一個(gè)強(qiáng)大的基因組可視化工具躁劣，可以交互式的查看大多數(shù)的基因組相關(guān)數(shù)據(jù)弹渔，并且支持多種NGS測序數(shù)據(jù)類型舆声。在大多數(shù)NGS數(shù)據(jù)分析中都會(huì)涉及到分析數(shù)據(jù)的可視化展示吞获，IGV無疑為我們提供了一個(gè)便利的可視化途徑供置。IGV不僅提供了基于Java的本地版集成工具谨湘，還可以定制化的構(gòu)建web版的IGV Browser，方便地存儲(chǔ)并展示個(gè)人的專屬數(shù)據(jù)芥丧。
安裝Apache服務(wù)器
首先需要下載并安裝Apache服務(wù)器搭建web環(huán)境紧阔，這里以CentOS系統(tǒng)為基礎(chǔ)安裝apache服務(wù)器，安裝完成后會(huì)生成/var/www/html文件夾续担，默認(rèn)開啟80端口擅耽，可以通過服務(wù)器IP(http://xxx.xxx.xxx.xx)在Chrome瀏覽器上進(jìn)行訪問。
# 利用CentOS系統(tǒng)的包管理器yum直接安裝httpd服務(wù)器
yum install -y httpd
cd /var/www/html
cat >index.html <<EOF
<html>
<head>
</head>
hello world
</html>
EOF
下載并安裝igv-webapp
IGV Web App提供了一個(gè)官方的示例網(wǎng)站物遇，可以通過https://igv.org/app/網(wǎng)址進(jìn)行訪問乖仇。
igv-webapp的網(wǎng)站源代碼可以在GitHub上進(jìn)行下載安裝。
cd /var/www/html
git clone https://github.com/igvteam/igv-webapp
cd igv-webapp/
# 新建data和log文件夾询兴，用于存放基因組數(shù)據(jù)和web訪問日志文件
mkdir data log
# 創(chuàng)建web配置文件igv.conf乃沙，開放1220端口，ServerName設(shè)置為自己服務(wù)器的IP
cat >igv.conf <<EOF
Listen 1220
<VirtualHost *:1220>
ServerName xxx.xxx.xxx.xx
ServerAdmin 1369852697@qq.com
ProxyRequests Off
<Proxy *>
Order deny,allow
Allow from all
</Proxy>
DocumentRoot /var/www/html/igv-webapp
ErrorLog /var/www/html/igv-webapp/log/igv.error.log
LogLevel info
CustomLog /var/www/html/igv-webapp/log/igv.access.log combined
</VirtualHost>
EOF
# 將igv.conf文件放置到/etc/httpd/conf.d/文件夾中
mv igv.conf /etc/httpd/conf.d/
安裝完成后在Chrome瀏覽器中輸入服務(wù)器IP地址和端口http://xxx.xxx.xxx.xx:1220蕉朵，即可成功訪問自己的IGV Web browser崔涂，默認(rèn)IGV browser提供了多個(gè)物種的基因組數(shù)據(jù)信息。
IGV browser默認(rèn)提供的hg19的參考基因組信息始衅，可以通過igvwebConfig.js配置文件進(jìn)行更改
配置個(gè)人專屬基因組數(shù)據(jù)
IGV browser的基因組數(shù)據(jù)是通過resources文件下的genomes.json文件進(jìn)行讀入訪問的冷蚂，可視化的track數(shù)據(jù)信息存放在resources文件下的tracks文件夾中，通過trackRegistry.json文件進(jìn)行讀入訪問汛闸，默認(rèn)會(huì)從中讀取數(shù)據(jù)展示蝙茶，訪問數(shù)據(jù)的加載速度可能會(huì)比較慢。
查看genomes.json文件
查看trackRegistry.json文件
下載并存放個(gè)人的基因組數(shù)據(jù)到data文件中诸老，更改resources文件中的
genomes.json文件
cd /var/www/html/igv-webapp/data
# 創(chuàng)建個(gè)人參考基因組文件夾
mkdir hg19 && cd hg19
# 下載參考基因組相關(guān)文件
wget https://s3.amazonaws.com/igv.broadinstitute.org/genomes/seq/hg19/hg19.fasta
wget https://s3.amazonaws.com/igv.broadinstitute.org/genomes/seq/hg19/hg19.fasta.fai
wget https://s3.amazonaws.com/igv.broadinstitute.org/genomes/seq/hg19/cytoBand.txt
wget https://s3.amazonaws.com/igv.org.genomes/hg19/refGene.sorted.txt.gz
wget https://s3.amazonaws.com/igv.org.genomes/hg19/refGene.sorted.txt.gz.tbi
# 更改genomes.json文件
cd ../../resources
vim genomes.json
將URL后的地址改為自己的服務(wù)器IP端口和數(shù)據(jù)存放的地址
同樣的隆夯，track的相關(guān)信息（如bam、bed别伏，vcf和gtf等文件）也可以存放在data文件夾中蹄衷，添加或更改tracks文件夾下對(duì)應(yīng)的json文件。除了在服務(wù)器中存放相關(guān)的數(shù)據(jù)厘肮，IGV browser還可以直接從本地愧口，遠(yuǎn)端服務(wù)器或鏈接地址導(dǎo)入相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化展示。
