linux系統(tǒng)如何安裝軟件
準(zhǔn)備工作
檢查有沒有bzip2壓縮軟件——命令 bzip2——結(jié)果沒有——安裝bzip2——命令 yum install -y bzip2
- miniconda 簡單來說就是軟件管理= App store应又，日常生信使用小而精的miniconda即可
- anaconda = miniconda + 150 high quality packages
miniconda = conda + python + base packages
下載miniconda
百度搜索miniconda留凭，復(fù)制下載鏈接
https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
命令 wget 剛才復(fù)制的下載鏈接
- 注意 ----- 請記住這里的粘貼不是ctrl+c和ctrl+V了舆绎，選中，鼠標(biāo)左鍵點一下是復(fù)制陋守，右鍵點一下是粘貼
- 下載sh是一個腳本，相當(dāng)與軟件包可以重復(fù)安裝
安裝miniconda
- 命令 bash Miniconda3-latest-linux-x86_64.sh
- source ~/.bashrc 激活conda
- 添加國內(nèi)鏡像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
開始使用conda
- 查看所有軟件列表 conda list
- 搜索軟件 conda search fastqc # 以fastqc 為例
-安裝軟件 conda install fastqc -y # 加上-y是自動安裝 - 卸載軟件 conda remove fastqc -y
conda環(huán)境——一個神奇的技能——分身：
在不同的環(huán)境中處理不同的數(shù)據(jù)亡嫌，用各自對應(yīng)的軟件运沦，不同的環(huán)境中的軟件互不干擾
查看當(dāng)前的環(huán)境 conda info --envs
建立一個新的環(huán)境——名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3涮母，安裝軟件fastqc谆趾、trimmomatic（這兩個可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y激活新的環(huán)境
source activate rna-seq卸載某個軟件
conda remove -n rna-seq fastqc -y全部卸載，也就是卸載這個環(huán)境
conda remove -n rna-seq --all
注意：最后卸載環(huán)境的時候叛本，需要先退出當(dāng)前環(huán)境沪蓬，因為自己肯定不能把自己刪除吧
思維導(dǎo)圖
圖片.png
