GDC中轉(zhuǎn)錄組的表達量文件有3種類型甫恩，分別對應(yīng)著不同的定量方法。
Counts 就不用說了酌予，來看看FPKM和FPKM-UQ有啥差別磺箕，這個可以查看GDC的官方說明文檔中的轉(zhuǎn)錄組分析部分，兩者的計算公式：
????RCg: 比對到基因上的reads數(shù)量
????RCpc: 比對到所有編碼蛋白基因上的reads數(shù)量
????RCg75: 樣品中75%分位對應(yīng)的基因reads數(shù)目
?????L: 基因的長度抛虫，為外顯子長度之和
以一個計算實例來說明兩者的差別：
假設(shè)在樣品1中Gene A 的相關(guān)統(tǒng)計信息如下：
? ? 1. Gene A的長度為：3000?
? ? 2. 比對到Gene A上的reads數(shù)量：1000
? ? 3. 比對所有基因上的reads數(shù)據(jù)量：1,000,000
? ? 4. 樣品1中覆蓋75%基因的reads數(shù)：2000?
那么松靡，F(xiàn)PKM和FPKM-UQ的計算結(jié)果如下：
? ? FPKM? = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(1,000,000)] = 333.33
????FPKM-UQ? = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67
那么我們一般下載那種數(shù)據(jù)比較好呢？
如果是做差異分析的話建椰，我建議采用counts 雕欺，畢竟有不少的差異分析的軟件都是基于counts數(shù)。
如果是計算樣品間的相關(guān)性棉姐，聚類等屠列，那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-UQ。當(dāng)然下載counts谅海，之后進行標(biāo)準(zhǔn)化脸哀，也是可以的。
所以扭吁，一般下載counts會比較好一些撞蜂。
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