- 安裝
官網(wǎng)中提到三種安裝方法易稠，可通過(guò)conda, pip，git clone 安裝該軟件.
我們這里利用conda,非常簡(jiǎn)單快速.
1.1 conda創(chuàng)建環(huán)境
conda create -n fithic python=3.8
1.2 conda 安裝 fithic
conda install fithic
1.3 測(cè)試
fithic -V
1.4 測(cè)試數(shù)據(jù)
svn export https://github.com/ay-lab/fithic/trunk/fithic/tests/
1.5 獲得源代碼
git clone https://github.com/ay-lab/fithic.git
利用源代碼/fithic/tests/run_tests-pip.sh 測(cè)試軟件莹妒，正常情況下應(yīng)該看到所有步驟都是成功的.
- 用自己的數(shù)據(jù)檢測(cè)顯著性互作
2.1 在源代碼fithic/utils/目錄下有很多輔助腳本，這里我們使用HiCPro2FitHiC.py腳本準(zhǔn)備input文件
利用hic-pro的結(jié)果:
python3 ./fithic/utils/HiCPro2FitHiC.py -i /hicpro/matrix/WT/raw/10000/WT_10000.matrix --bed /hicpro/matrix/WT/raw/10000/WT_10000_abs.bed -s /hicpro/matrix/WT/iced/10000/WT_10000_iced.matrix.biases -o ./WT -r 10000
參數(shù)解釋:
-i hicpro結(jié)果中產(chǎn)生的原始矩陣
--bed 原始矩陣相對(duì)應(yīng)的bin的數(shù)目及坐標(biāo)
-s hicpro結(jié)果iced校正后的值
-o 輸出結(jié)果的目錄
-r 解析度
2.2 在完成上一步之后，我們會(huì)得到三個(gè)壓縮文件可以作為fithic 主程序的輸入文件.分別為:
fithic.fragmentMappability.gz, hic實(shí)驗(yàn)中的片段信息;
fithic.interactionCounts.gz, hic實(shí)驗(yàn)中片段之間的互作信息.
fithic.biases.gz, ICE方法的校正信息.
有了這些文件算行，我們終于可以進(jìn)行分析，找到顯著性的互作.
2.3 執(zhí)行fithic
fithic -f fithic.fragmentMappability.gz -i fithic.interactionCounts.gz -o ./10k_WT -r 10000 -t fithic.biases.gz -v -x All
參數(shù)解釋: -f, -i, -t是我們準(zhǔn)備好的輸入文件.
-o 是輸出文件的目錄
-r 解析度
-v 產(chǎn)生相應(yīng)的顯著性互作的圖
-x All. 是指找到染色體間和染色體內(nèi)的互作苫耸，還有另外兩個(gè)選項(xiàng)是 'interOnly', 'intraOnly'.
運(yùn)行時(shí)間還是挺快的州邢，兩個(gè)小時(shí)左右產(chǎn)生結(jié)果.
-
結(jié)果
產(chǎn)生出5個(gè)文件，由于我們添加了-v選項(xiàng)褪子，因此會(huì)有兩個(gè)圖.其中一個(gè)如下所示
image.png
我們主要關(guān)注的FitHiC.spline_pass1.res10000.significances.txt.gz文件包含互作信息.如下所示
image.png
前四列分別是互作的兩個(gè)片段的染色體位置和互作片段的中點(diǎn)位置量淌，contactCount是互作數(shù)目骗村，p-value 和 q-value 是顯著性統(tǒng)計(jì)值，bias1 和 bias2 是兩個(gè)互作片段的Bias value呀枢，ExpCC 是預(yù)期的互作個(gè)數(shù).
3.1 過(guò)濾和合并
由于我們想得到顯著性的互作叙身，因此可以根據(jù)實(shí)際情況通過(guò)p-value 或者q-value進(jìn)行過(guò)濾，此外也可以利用./fithic/utils/下的merge-filter.sh 或者 merge-filter-parallelized.sh對(duì)臨近的互作合并.
??硫狞，就到這里吧.
更多信息和問(wèn)答可以參考GitHub網(wǎng)站
https://github.com/ay-lab/fithic
