NGS原理- 染色質(zhì)結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子鑒定測(cè)序-ChIP-Seq、DNase-Seq烁焙、ATAC-Seq航邢、FAIRE-Seq、MNase-Seq

image.png

An overview of ChIP–seq, DNase-seq, ATAC-seq, MNase-seq and FAIRE–seq experiments.

看到六六博客有不錯(cuò)的骄蝇,故直接轉(zhuǎn)載:

  • ATAC-Seq膳殷、ChIP-Seq、Dnase-Seq乞榨、MNase-Seq秽之、FAIRE-Seq整體的分析思路一致当娱,找到富集區(qū)域吃既,對(duì)富集區(qū)域進(jìn)行功能分析。
  • ChIP-Seq是揭示特定轉(zhuǎn)錄因子或蛋白復(fù)合物的結(jié)合區(qū)域跨细,實(shí)際是研究DNA和蛋白質(zhì)的相互作用鹦倚,利用抗體將蛋白質(zhì)和DNA一起富集,并對(duì)富集到的DNA進(jìn)行測(cè)序冀惭。

DNase-Seq震叙、ATAC-Seq、FAIRE-Seq都是用來(lái)研究開放染色質(zhì)區(qū)域散休。

  • DNase-Seq是用的DNase I內(nèi)切酶識(shí)別開放染色質(zhì)區(qū)域媒楼,而ATAC-seq是用的Tn5轉(zhuǎn)座酶,隨后進(jìn)行富集和擴(kuò)增戚丸;
  • FAIRE-Seq是先進(jìn)行超聲裂解划址,然后用酚-氯仿富集。
  • MNase-Seq是用來(lái)鑒定核小體區(qū)域限府。

作者:六六_ryx
鏈接:http://www.reibang.com/p/87bc2002e82c
來(lái)源:簡(jiǎn)書

圖片來(lái)源:

Identifying and mitigating bias in next-generation sequencing methods for chromatin biology

摘要:
Next-generation sequencing (NGS) technologies have been used in diverse ways to investigate various aspects of chromatin biology by identifying genomic loci that are bound by transcription factors, occupied by nucleosomes or accessible to nuclease cleavage, or loci that physically interact with remote genomic loci. However, reaching sound biological conclusions from such NGS enrichment profiles requires many potential biases to be taken into account. In this Review, we discuss common ways in which biases may be introduced into NGS chromatin profiling data, approaches to diagnose these biases and analytical techniques to mitigate their effect.

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末夺颤,一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市,隨后出現(xiàn)的幾起案子胁勺,更是在濱河造成了極大的恐慌世澜,老刑警劉巖,帶你破解...
    沈念sama閱讀 222,252評(píng)論 6 516
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件署穗,死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異寥裂,居然都是意外死亡,警方通過(guò)查閱死者的電腦和手機(jī)案疲,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 94,886評(píng)論 3 399
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門抚恒,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來(lái),“玉大人络拌,你說(shuō)我怎么就攤上這事俭驮。” “怎么了?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 168,814評(píng)論 0 361
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵混萝,是天一觀的道長(zhǎng)遗遵。 經(jīng)常有香客問(wèn)我,道長(zhǎng)逸嘀,這世上最難降的妖魔是什么车要? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 59,869評(píng)論 1 299
  • 正文 為了忘掉前任,我火速辦了婚禮崭倘,結(jié)果婚禮上翼岁,老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己司光,他們只是感情好琅坡,可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 68,888評(píng)論 6 398
  • 文/花漫 我一把揭開白布。 她就那樣靜靜地躺著残家,像睡著了一般榆俺。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上坞淮,一...
    開封第一講書人閱讀 52,475評(píng)論 1 312
  • 那天茴晋,我揣著相機(jī)與錄音,去河邊找鬼回窘。 笑死诺擅,一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛,可吹牛的內(nèi)容都是我干的啡直。 我是一名探鬼主播烁涌,決...
    沈念sama閱讀 41,010評(píng)論 3 422
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼,長(zhǎng)吁一口氣:“原來(lái)是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼付枫!你這毒婦竟也來(lái)了烹玉?” 一聲冷哼從身側(cè)響起,我...
    開封第一講書人閱讀 39,924評(píng)論 0 277
  • 序言:老撾萬(wàn)榮一對(duì)情侶失蹤阐滩,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎二打,沒想到半個(gè)月后,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體掂榔,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 46,469評(píng)論 1 319
  • 正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡继效,尸身上長(zhǎng)有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 38,552評(píng)論 3 342
  • 正文 我和宋清朗相戀三年,在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了装获。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片瑞信。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 40,680評(píng)論 1 353
  • 序言:一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖穴豫,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出凡简,到底是詐尸還是另有隱情逼友,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 36,362評(píng)論 5 351
  • 正文 年R本政府宣布秤涩,位于F島的核電站帜乞,受9級(jí)特大地震影響,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏筐眷。R本人自食惡果不足惜黎烈,卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 42,037評(píng)論 3 335
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望匀谣。 院中可真熱鬧照棋,春花似錦、人聲如沸武翎。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 32,519評(píng)論 0 25
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽(yáng)后频。三九已至梳庆,卻和暖如春暖途,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間卑惜,已是汗流浹背。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 33,621評(píng)論 1 274
  • 我被黑心中介騙來(lái)泰國(guó)打工驻售, 沒想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留露久,地道東北人。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 49,099評(píng)論 3 378
  • 正文 我出身青樓欺栗,卻偏偏與公主長(zhǎng)得像毫痕,于是被迫代替她去往敵國(guó)和親。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子迟几,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 45,691評(píng)論 2 361

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容