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一、PBMC

1猪瞬、炎癥

人類肝硬化的纖維化- [ GSE136103]- 5個(gè)纖維化肝組織拨黔，5個(gè)正常肝組織话浇。4個(gè)PBMC (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136103) NAFLD 4個(gè)PBMC

新冠整體一個(gè)數(shù)據(jù) - GSE158055

• COVID-19 immune features revealed by a large-scale single-cell transcriptome atlas - ScienceDirect

敗血癥-sepsis - GSE167363 10個(gè)膿毒癥 2個(gè)對(duì)照

• Dynamic changes in human single-cell transcriptional signatures during fatal sepsis - PMC

流感和新冠- GSE149689 5個(gè)流感 4個(gè)對(duì)照 11個(gè)新冠 數(shù)據(jù)合在一起的

• Immunophenotyping of COVID-19 and influenza highlights the role of type I interferons in development of severe COVID-19 - PubMed

白塞病 -BD GSE198616 8個(gè)白塞病增蹭，8個(gè)對(duì)照杆逗。還有PBMC轉(zhuǎn)錄組

• Single-cell analyses highlight the proinflammatory contribution of C1q-high monocytes to Beh?et’s disease - PMC

系統(tǒng)性紅斑狼瘡 SLE - GSE135779 8 adult SLE (aSLE) patients and 6 個(gè)對(duì)照 （aHD）学少。剩下的是小孩數(shù)據(jù)

多發(fā)性硬化癥-MS - GSE138266 5個(gè)MS剪个，沒有對(duì)照

原發(fā)性干燥綜合征 （pSS）- GSE157278 5個(gè)樣本，5個(gè)對(duì)照版确，10個(gè)樣本才5W細(xì)胞扣囊，19年測(cè)的數(shù)據(jù)

系統(tǒng)性硬化癥（SSc）

新冠伴有肺纖維化 - GSE165182 3個(gè)中等嚴(yán)重，12個(gè)重癥绒疗，4個(gè)對(duì)照如暖。

特發(fā)性肺纖維化 (IPF) - 單細(xì)胞分析揭示進(jìn)行性特發(fā)性肺纖維化中的免疫畸變 - PubMed 文章下載不了

乙肝 - GSE182159 17個(gè)肝炎，6個(gè)健康忌堂，PBMC和肝組織匹配盒至。PBMC是全部，肝組織是CD45+

瘧疾-malaria- GSE217930 3個(gè)成年人的感染第0天士修，2個(gè)對(duì)照（20多歲的年輕人）

克羅恩病 - GSE134809 9個(gè)PBMC枷遂， 細(xì)胞因子阻斷治療回腸克羅恩病。沒有具體服藥情況棋嘲，沒有對(duì)照酒唉。 第一個(gè)是V1建庫，后面的是V2建庫沸移。

IBD - GSE125527 15個(gè)PBMC痪伦，CD45+ ， 兩種疾病都有雹锣，沒有對(duì)照网沾。 數(shù)據(jù)質(zhì)量不行，不能用蕊爵。

克羅恩病- GSE269631 2個(gè)治療前的 PBMC（ S001_010_pre_RE_ 和 S002_016_pre_RE）辉哥，4個(gè)治療后的，沒有對(duì)照攒射。

2醋旦、腫瘤

胰腺導(dǎo)管腺癌（PDA）- GSE155698 17個(gè)腫瘤 4個(gè)對(duì)照

• Multimodal mapping of the tumor and peripheral blood immune landscape in human pancreatic cancer | Nature Cancer

膽管癌-ICC 5 名患者，所有患者在腫瘤切除前均未接受過任何術(shù)前治療（化療会放、放療或抗腫瘤藥物）饲齐。- GSE201425 5個(gè)PBMC

• Single-cell atlas of diverse immune populations in the advanced biliary tract cancer microenvironment | npj Precision Oncology

腎癌-RC GSE121636 腎癌和PBMC的CD45+ ，3個(gè)PBMC

三陰性乳腺癌- GSE169246 混在一起的咧最，不知道能不能用捂人。沒用這個(gè)

頭頸癌 - GSE139324 有PBMC甩骏，但是19年的數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)太小先慷，幾兆

化療后急性髓性白血病-AML - GSE235857 6個(gè)實(shí)驗(yàn)，6個(gè)對(duì)照咨察。

頭頸部鱗狀細(xì)胞癌 -

GSE164690 新加的论熙，未接受治療的患者，CD45+ 陽選 的PBMC摄狱。

• Investigating immune and non-immune cell interactions in head and neck tumors by single-cell RNA sequencing | Nature Communications

膀胱腫瘤 - 文章下載不了- 尿液 scRNAseq 揭示了膀胱腫瘤免疫微環(huán)境的新見解 - PubMed

下面是最后加的

鼻咽癌 - NPC - GSE162025

10g個(gè) PBMC 沒有對(duì)照

黑色素瘤-Melanoma(MELA)-- GSE139249 5個(gè)PBMC 沒有對(duì)照脓诡。

3、代謝性疾病

妊娠期糖尿裁揭邸（臍帶血樣品）- GSE212309

急性冠狀動(dòng)脈綜合征 - GSE184073 樣品是動(dòng)脈粥樣硬化斑塊祝谚，不是PBMC

1 型糖尿病- GSE221297 青少年樣本，年齡沒寫酣衷。 9個(gè)糖尿病交惯，3個(gè)對(duì)照

糖尿病足 - GSE165816 7個(gè)糖尿病PBMC，3個(gè)對(duì)照穿仪。

阿爾茨海默-AD- GSE181279 3個(gè)患者席爽，2個(gè)對(duì)照。是老年人 啊片， CD45+

痛風(fēng) - GSE211783 的痛風(fēng)患者發(fā)作期和緩解期各三例 PBMC 新加的

• 項(xiàng)目文章|上海十院彭艾團(tuán)隊(duì)運(yùn)用單細(xì)胞測(cè)序揭示痛風(fēng)發(fā)作新機(jī)制亞型功能_cells

二只锻、肝臟

人類肝硬化的纖維化- GEO Accession viewer CD45-

三、肺

有用的文章-單核細(xì)胞相關(guān)

• 剖析人類免疫細(xì)胞對(duì) T 細(xì)胞和單核細(xì)胞特異性激活的蛋白質(zhì)和轉(zhuǎn)錄反應(yīng) - 概述 - HCA Data Explorer
• 致命性敗血癥期間人類單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄特征的動(dòng)態(tài)變化 - 概述 - HCA Data Explorer 說和新冠表達(dá)相似
• 使用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究原發(fā)性干燥綜合征患者外周血免疫細(xì)胞的表達(dá)和調(diào)節(jié)特征 - PubMed
• 類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎紫谷、系統(tǒng)性紅斑狼瘡和原發(fā)性干燥綜合征外周血中巨核細(xì)胞均擴(kuò)張 - PMC與健康對(duì)照相比齐饮，這些 AD 具有相似的轉(zhuǎn)錄譜，共享差異表達(dá)基因 ((DEG)
  
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• 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜揭示自身免疫性疾病中的異丑宰颍基因表達(dá)模式和細(xì)胞狀態(tài) - PubMed多發(fā)性硬化癥 (MS)祖驱、原發(fā)性干燥綜合征 (pSS) 和系統(tǒng)性紅斑狼瘡 (SLE) 有許多共同的臨床癥狀和血清學(xué)特征。
• 表達(dá)高水平微粒體前列腺素 E2 合酶 1 的非經(jīng)典循環(huán)單核細(xì)胞標(biāo)記系統(tǒng)性硬化癥中異常的 IFN 反應(yīng) 分離的單核做的單細(xì)胞測(cè)序瞒窒，可以看看分群羹膳。
• 單細(xì)胞 RNA-seq 分辨率揭示了川崎病和 COVID-19 中 CCR1+/SELL+/XAF+ CD14 單核細(xì)胞介導(dǎo)的血管內(nèi)皮細(xì)胞損傷 - PubMed 但 CD14+ 單核細(xì)胞的比例在 KD 和 COV 中均升高周霉。而CD14+單核細(xì)胞在KD和COV之間共享大量相同的分化表達(dá)基因届慈。
• 非典型 B 細(xì)胞的共享轉(zhuǎn)錄譜表明瘧疾、HIV 和自身免疫中擴(kuò)張和功能的共同驅(qū)動(dòng)因素 - PubMed我們?cè)诏懠材阒伞IV 和自身免疫性疾病中展示了 ABC 簇的非常相似的轉(zhuǎn)錄譜寇壳，并證明干擾素-γ 驅(qū)動(dòng)了瘧疾中 ABC 的擴(kuò)展醒颖。
• 泛癌 scRNA-seq 分析揭示外周血單核細(xì)胞的免疫學(xué)和診斷意義人類分子遺傳學(xué)|牛津?qū)W術(shù)
• 李霞教授課題組最新研究：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示妊娠糖尿病對(duì)新生兒免疫的不良影響
• 項(xiàng)目文章 | 單細(xì)胞測(cè)序刻畫1型糖尿病中高表達(dá)干擾素信號(hào)新亞群特征 - 知乎
• 以單細(xì)胞分辨率定義終末期心力衰竭的心臟功能恢復(fù)。 - 概述 - HCA 數(shù)據(jù)瀏覽器我們對(duì)左心室輔助裝置植入后恢復(fù)左心室收縮功能的心力衰竭患者壳炎、未恢復(fù)的患者和非患病供體進(jìn)行了單核RNA測(cè)序泞歉。我們確定了恢復(fù)的細(xì)胞特異性轉(zhuǎn)錄特征逼侦，最顯著的是巨噬細(xì)胞和成纖維細(xì)胞。在這些細(xì)胞類型中腰耙，炎癥特征是恢復(fù)的負(fù)面預(yù)測(cè)因子榛丢，RUNX1 的下調(diào)與恢復(fù)相關(guān)。
• 招募的巨噬細(xì)胞引發(fā)心房顫動(dòng) - 概述 - HCA Data Explorer人類心房的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組記錄了房顫中炎癥單核細(xì)胞和 SPP1+ 巨噬細(xì)胞的擴(kuò)張挺庞。來自 HOMER 小鼠心房的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組概括了在患者中觀察到的細(xì)胞組成和轉(zhuǎn)錄組變化晰赞。抑制單核細(xì)胞遷移可減少 Ccr2-∕-HOMER 小鼠的心律失常。細(xì)胞間相互作用分析發(fā)現(xiàn)选侨，SPP1 是一種多效性信號(hào)掖鱼，可通過與局部免疫細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞的相互作用促進(jìn)心房顫動(dòng)。
• Immunity丨單細(xì)胞測(cè)序揭示年齡對(duì)健康人外周血單核細(xì)胞的影響CD4細(xì)胞不隨年齡改變援制，經(jīng)典CD8隨年齡降低戏挡，導(dǎo)致升高的CD4/CD8比例。MAIT細(xì)胞55歲之后降低晨仑，NK褐墅，myeloid cell，B和DN細(xì)胞不隨年齡改變洪己。
• 文獻(xiàn)解讀|川崎病單細(xì)胞免疫圖譜研究
• 項(xiàng)目文章|上海十院彭艾團(tuán)隊(duì)運(yùn)用單細(xì)胞測(cè)序揭示痛風(fēng)發(fā)作新機(jī)制亞型功能_cells 上面的有GEO編號(hào)
• 細(xì)胞特異性外周免疫反應(yīng)可預(yù)測(cè)危重 COVID-19 患者的生存 - PubMed 單核細(xì)胞可以預(yù)測(cè)新冠死亡

三掌栅、腸道

潰瘍性結(jié)腸炎 - GEO Accession viewer 有PBMC，但是是CD45+的

• Heterogeneity and clonal relationships of adaptive immune cells in ulcerative colitis revealed by single-cell analyses - PubMed

三码泛、其他數(shù)據(jù)

健康兒童PBMC 3個(gè) - GSE206295