apt-get 應(yīng)用商城需要root權(quán)限。
conda軟件安裝管理器（無需root）
$ (uname -m) 運行uname -m 命令
$ () ：運行括號內(nèi)的命令方仿。-
百度 清華鏡像
1.gif
演示選的是anaconda,不是迷你版蝗羊，大家按需下載藏澳。
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh #在命令行輸入wget +剛才復制的網(wǎng)址
安裝過程可參考：https://blog.csdn.net/qq_41661056/article/details/82289684
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conda內(nèi)的相關(guān)指令：2018-10-24_212532.png
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用conda 安裝軟件(bwa)：2018-10-24_215616.png
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安裝完軟件要用指令激活，否則軟件(bwa)用不了耀找。2018-10-24_221530.png
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激活步驟：source activate rna(rna中包含了bwa,故source activate rna 而不是bwa)： 2018-10-24_221723.png
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用conda安裝軟件翔悠，先查找conda里有沒有，有再下載：2018-10-24_222726.png
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用conda下載trimmomatic(含于rna,之前已激活rna,故無需再激活野芒，便可使用）: 2018-10-24_223242.png
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用conda下載cutadapt(含于rna,之前已激活rna,故無需再激活蓄愁，便可使用）: 2018-10-24_224054.png
生物信息學的軟件：
質(zhì)控: 需要fastqc及multiqc trimmomatic, cutadapt,trim-galore
比對： star ，hisat2, bowtie2,tophat, bwa,subread
計數(shù)：htseq,bedtools, deeptools
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用conda下載trim-galore（-y 就是表示yes) ： 2018-10-25_222410.png
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使用conda 同時安裝hisat2, bowtie2 ： 2018-10-25_222919.png
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用conda 同時安裝其他軟件：2018-10-25_223752.png
2018-10-25_224851.png
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