2020年4月16日 
Day3：Linux環(huán)境下的軟件安裝
今天的主要學(xué)習(xí)內(nèi)容是：Linux如何安裝軟件营勤？
DAY3：Linux環(huán)境下的軟件安裝
一、何為Conda?
- Linux下最方便快捷的軟件下載器
- 作用相當(dāng)與App Store（應(yīng)用商店）
- >90%軟件能在conda中一鍵安裝
- 日常生信使用小而精的Minicoda
圖片來(lái)源于生信星球
二慌洪、如何下載Miniconda?
1. 查看服務(wù)器是64位還是32位
- 命令：uname -a（或者uname -m）
-
64-bit (x86_64)、32-bit (x86) 查看服務(wù)器位數(shù)
2. 搜索清華的Conda鏡像網(wǎng)站
-
Google搜索“miniconda 清華”
-
進(jìn)入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda
-
找到Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh疲迂，右鍵復(fù)制鏈接
-
登陸服務(wù)器禾怠，進(jìn)入biosoft目錄，使用wget下載
三变逃、如何安裝和配置Miniconda?
1. 使用bash安裝minicond
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash-1
bash-2
bash-3
bash-4
2. 激活Conda
- source ~/ .bashrc
-
conda source ~/ .bashrc & conda
3. 添加鏡像
- 使用清華的鏡像
#清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
![]()
Add mirror
Add mirror
四必逆、如何使用Miniconda?
1. 查看當(dāng)前所有軟件列表
-
conda list
conda list
2. 搜索軟件
-
conda search fastqc
conda search fastqc
3. 安裝軟件
-
conda install fastqc -y
conda install fastqc -y
4. 卸載軟件
-
conda remove fastqc -y
conda remove fastqc -y
