FST分析
首先將plink文件轉(zhuǎn)化成VCF文件(轉(zhuǎn)換方法見plink章)
準備兩個種群文件sample1
andsample2
sample1代表一個群體ID
xi1
XI2
xi3
sample2代表一個群體的ID。
qi1
qi2
qi3
qi4
用vcftools進行fst分析:test.vcf
為輸入文件。
vcftools --vcf test.vcf –weir-fst-pop sample.txt –weir-fst-pop sample2.txt –out outfile