R語言學(xué)習(xí) - 入門環(huán)境Rstudio
http://blog.genesino.com/2017/06/R-Rstudio/
原創(chuàng)?陳同?生信寶典?2017-06-27
R語言是比較常用的統(tǒng)計(jì)分析和繪圖語言非剃，擁有強(qiáng)大的統(tǒng)計(jì)庫伶授、繪圖庫和生信分析的Bioconductor庫恭垦，是學(xué)習(xí)生物信息分析的必備語言之一嫂冻。
Rstudio是編輯瑰排、運(yùn)行R語言的最為理想的工具之一，支持純R腳本炉奴、Rmarkdown (腳本文檔混排)擦酌、Bookdown (腳本文檔混排成書)、Shiny (交互式網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用)等恨旱。
Rstudio版本
Rsdutio分為桌面版和服務(wù)器版辈毯，桌面版可以在單機(jī)使用，服務(wù)器版可以從瀏覽器訪問供多人使用搜贤。
服務(wù)器版安裝好之后谆沃，訪問地址為<服務(wù)器IP:8787>，用戶名和密碼為Linux用戶的用戶名和密碼仪芒。
Rstudio安裝
R安裝
Linux下安裝
Rstudio安裝前需要安裝R唁影，如果使用的是新版的操作系統(tǒng)。直接可以用sudo apt-get installl r-base?或者yum install r-base來安裝掂名。
若系統(tǒng)版本老据沈，或沒有根用戶權(quán)限，則需要下載編譯源碼安裝饺蔑，最新地址為https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.0.tar.gz锌介。
具體編譯方式為 (Linux下軟件安裝見 http://blog.genesino.com/2016/06/bash1):
# --enable-R-shlib 需要設(shè)置，使得其他程序包括Rstudio可以使用R的動態(tài)庫
# --prefix指定軟件安裝目錄猾警，需使用絕對路徑
./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib
# 也可以使用這個(gè)命令孔祸，共享系統(tǒng)的blas庫，提高運(yùn)輸速度
#./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make
make install
Windows下安裝
下載https://cran.r-project.org/bin/windows/雙擊就可以了发皿。
Rstudio安裝
Linux下安裝服務(wù)器版
安裝參考 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
sudoyum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
安裝完之后的檢測崔慧、啟動和配置
sudorstudio-server verify-installation#查看是否安裝正確
sudorstudio-server start## 啟動
sudorstudio-server status## 查看狀態(tài)
sudorstudio-server stop## 停止
ifconfig | grep'inet addr'## 查看服務(wù)端ip地址
sudorstudio-server start## 修改配置文件后重啟
sudorstudio-server active-sessions## 列出活躍的sessions:
sudorstudio-server suspend-session ## 暫停session
sudorstudio-server suspend-all##暫停所有session
Rstudio日志目錄，方便查看錯(cuò)誤信息：/var/log/rstudio-server/
配置文件：
Timeout
[user]
session-timeout-minutes=30
[@powerusers]
session-timeout-minutes=0
/etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8787(default)
www-address=0.0.0.0(default)
rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib
rsession-which-r=/usr/local/bin/R
/etc/rstudio/rsession.conf
Windows下安裝桌面版
下載之后 (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/)雙擊安裝穴墅，需要使用管理員權(quán)限惶室，其它無需要注意的温自。
Rstudio 使用
Windows下桌面版直接雙擊打開即可使用，Linux服務(wù)器版訪問地址為<服務(wù)器IP:8787>皇钞，用戶名和密碼為Linux用戶的用戶名和密碼悼泌。
Rstudio 界面
Rstudio中新建或打開文件
如果是桌面版，直接就可以訪問”我的電腦”去打開之前寫過的腳本鹅士。如果是服務(wù)器版券躁，可直接訪問服務(wù)器上寫過的腳本。Rstudio右下1/4部分可以切換目錄掉盅，點(diǎn)擊more，設(shè)置工作目錄以舒≈憾唬可以上傳本地的腳本到對應(yīng)目錄打開。
Rstudio還有其它的功能蔓钟，不過這些對我們初學(xué)使用已經(jīng)足夠了永票。后續(xù)會根據(jù)需要推出基于ggplot2作圖的R入門介紹。
Reference
我的GitHub http://blog.genesino.com//2017/06/R-Rstudio
https://support.rstudio.com/hc/en-us
我的CSDN http://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/73785102
