瓊脂糖凝膠電泳是常用的用于分離、鑒定DNA、RNA的方法词顾，這種電泳方法以瓊脂凝膠作為支持物，利用DNA分子在泳動時的電荷效應(yīng)和分子篩效應(yīng)碱妆，達到分離混合物的目的肉盹。DNA分子在高于其等電點的溶液中帶負電，在電場中向陽極移動疹尾。在一定的電場強度下上忍，DNA分子的遷移速度取決于分子篩效應(yīng)，即分子本身的大小和構(gòu)型是主要的影響因素纳本。DNA分子的遷移速度與其相對分子量成反比窍蓝。不同構(gòu)型的DNA分子的遷移速度不同。如環(huán)形DNA分子樣品饮醇，其中有三種構(gòu)型的分子：共價閉合環(huán)狀的超螺旋分子（cccDNA）它抱、開環(huán)分子(ocDNA)、和線形DNA分子(IDNA)朴艰。這三種不同構(gòu)型分子進行電泳時的遷移速度大小順序為:cccDNA＞IDNA＞ocDNA
? ? 核酸分子是兩性解離分子观蓄，pH3.5是堿基上的氨基解離，而三個磷酸基團中只有一個磷酸解離祠墅，所以分子帶正電侮穿，在電場中向負極泳動；而pH8.0-8.3時毁嗦，堿基幾乎不解離亲茅，而磷酸基團解離，所以核酸分子帶負電狗准，在電場中向正極泳動克锣。不同的核酸分子的電荷密度大致相同，因此對泳動速度影響不大腔长。在中性或堿性時袭祟，單鏈DNA與等長的雙鏈DNA的泳動率大致相同。
影響核酸分子泳動率的因素主要是：
1捞附、樣品的物理性狀
即分子的大小巾乳、電荷數(shù)您没、顆粒形狀和空間構(gòu)型。一般而言胆绊，電荷密度愈大氨鹏，泳動率越大。但是不同核酸分子的電荷密度大致相同压状，所以對泳動率的影響不明顯仆抵。
對線形分子來說，分子量的常用對數(shù)與泳動率成反比种冬，用此標準樣品電泳并測定其泳動率肢础，然后進行DNA分子長度（bp）的負對數(shù)-——泳動距離作標準曲線圖，可以用于測定未知分子的長度大小碌廓。
DNA分子的空間構(gòu)型對泳動率的影響很大传轰，比如質(zhì)粒分子，泳動率的大小順序為：cDNA＞IDNA＞ocDNA但是由于瓊脂糖濃度谷婆、電場強度慨蛙、離子強度和溴化乙錠等的影響，會出現(xiàn)相反的情況纪挎。
2期贫、支持物介質(zhì)
瓊脂糖是一種聚合鏈線性分子。含有不同濃度的瓊脂糖的凝膠構(gòu)成的分子篩的網(wǎng)孔大小不同异袄，適用于分離不同濃度范圍的核酸分子通砍。選擇不同濃度的凝膠，可以分離不同大小范圍的DNA分子烤蜕。
3封孙、電場強度
電場強度愈大，帶點顆粒的泳動越快讽营。但凝膠的有效分離范圍隨著電壓增大而減小虎忌，所以電泳時一般采用低電壓，不超過4V/cm橱鹏。而對于大片段電泳膜蠢，甚至用0.5-1.0V/cm電泳過夜。進行高壓電泳時莉兰，只能使用聚丙烯酰胺凝膠挑围。
4、緩沖液離子強度
核酸電泳常采用TAE糖荒、TBE杉辙、TPE三種緩沖系統(tǒng)。TAE價格低廉寂嘉，但緩沖能力低奏瞬。TPE在進行DNA回收時，會使DNA污染磷酸鹽泉孩，影響后續(xù)反應(yīng)硼端。所以多采用TBE緩沖液。
在緩沖液中加入EDTA寓搬，可以鰲合二價離子珍昨，抑制DNase，保護DNA句喷。
緩沖液pH常偏堿性或中性镣典，此時核酸分子帶負電，向正極移動唾琼。
核酸電泳中以前常用的染色劑是溴化乙錠（ethidium bromide EB）兄春。BE見光分解，應(yīng)在避光條件下4℃保存锡溯。溴化乙錠是一種扁平分子赶舆，可以嵌入核酸雙鏈的配對堿基之間。在紫外線照射BE-DNA復(fù)合物時祭饭，出現(xiàn)不同的效應(yīng)芜茵。254nm的紫外線照射時，靈敏度最高倡蝙，但對DNA損傷嚴重九串；360nm紫外線照射時，雖然靈敏度較低寺鸥，但對DNA損傷小猪钮，所以適合對DNA樣品的觀察和回收等操作。300nm紫外線照射的靈敏度較高胆建，且對DNA損傷不是很大躬贡，所以也比較適用弊攘。但EB有毒非竿，現(xiàn)實驗室已基本不用，用核酸燃料代替EB取募。
1宰译、若使用溴化乙錠（EB）需注意安全檐蚜，EB為中度毒性、強致癌性物質(zhì)沿侈，務(wù)必小心闯第，勿沾染于衣物、皮膚缀拭、眼睛咳短、口鼻等填帽。所有操作均只能在專門的電泳區(qū)域操作，戴一次性手套咙好，并及時更換篡腌。
2、預(yù)先加入EB時可能使DNA的泳動速度下降15%左右勾效，而且對不同構(gòu)型的DNA的影響程度不同嘹悼。所以為取得較真實的電泳結(jié)果可以在電泳結(jié)束后再用0.5μg/ml的EB溶液浸泡染色。若膠內(nèi)或樣品內(nèi)已加EB层宫，染色步驟可省略杨伙；若凝膠放置一段時間后才觀察，即使原來膠內(nèi)或樣品已加EB萌腿，也建議增加此步限匣。
3、制膠若形成氣泡需在凝膠液未凝固之前及時清除毁菱，否則膛腐，需重新制膠；上樣時也不要有氣泡鼎俘，容易使樣品飄散哲身。
