RagTag, Reference-guided genome assembly correction and scaffolding. 是Ragoo的一個升級茁裙，可對contig進行correct塘砸，錨定，還可以基于Hi-C數(shù)據(jù)進行正確錨定晤锥。
githup：https://github.com/malonge/RagTag
1 安裝
conda 快速安裝
conda install -c bioconda ragtag
2 簡單使用
主要包括以下
- correct; ragtag.py correct -h 可查看其具體參數(shù)
- scaffold
- merge
- correct contigs
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta
- scaffold contigs
ragtag.py scaffold ref.fa ragtag_output/query.corrected.fasta
- scaffold with multiple references
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_*/*.agp
- use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_*/*.agp
參數(shù)
-f: 最小的unique 比對長度 默認 1000
-e: 一個含有ref header文本掉蔬，忽視這些序列
-gff: 斷開的contig其斷點不再gff間（防止把基因斷開）
-o: 輸出文件夾 默認ragtat_output
-t: minimap2 線程
--aligner： nucmer或者 minimap2的路徑，默認minimap2
--mm2-params矾瘾， --nucmer-params 分別可設(shè)置其參數(shù)
-R: 額外的fasta序列眉踱，輔助組裝
F: 和-R類似，以文件形式顯示
-T： 提供的reads類型霜威。sr, short-reads; corr: error corrected long-reads
