(全文約900字)
1. HiFi數(shù)據(jù)
HiFi reads（High Fidelity reads）是2019年由PacBio公司推出的基于環(huán)化一致性序列（Circular Consensus Sequencing誊抛，CCS）模式產(chǎn)生的既兼顧長讀長（10-20kb的長度）又具有高精度（>99%準(zhǔn)確率）的測序結(jié)果列牺。非常適合用于基因組組裝。
- HiFi數(shù)據(jù)預(yù)處理
- 可以用
bam2fasta直接把下機(jī)數(shù)據(jù)ccs.bam或者h(yuǎn)ifi.bam轉(zhuǎn)換成fasta格式文件用于后續(xù)分析拗窃。 -
bam2fasta sample.ccs.bam -c 9 -o sample.ccs命令會生成sample.ccs.fasta.gz文件瞎领，-c 9代表壓縮程度為9。
- 用HiFi數(shù)據(jù)組裝基因組的軟件選擇
- 2024年發(fā)表在Genome Research上的一篇文章 對11種針對HiFi測序技術(shù)的組裝工具的評估結(jié)果顯示随夸，hifiasm和hifiasm-meta分別是組裝真核基因組和宏基因組的最佳工具九默。
- 文章顯示，在真核生物基因組組裝中宾毒，hifiasm在不同方法比較的組裝基因組均具有更高的連續(xù)性驼修、完整性和準(zhǔn)確性；HiCanu诈铛、Verkko與LJA次之乙各，但Verkko與LJA具有組裝的contig較短等缺陷；NextDenovo僅對單倍體基因組具有更好的性能幢竹。
- 宏基因組組裝評估中耳峦，hifiasm-meta以及metaflye的組裝錯(cuò)誤最少，但是在面對復(fù)雜宏基因組時(shí)hifiasm-meta的完整性及連續(xù)性明顯優(yōu)于metaflye焕毫，但同時(shí)也會保留部分冗余的序列蹲坷。
目前來說驶乾，Hifiasm軟件是用HiFi數(shù)據(jù)組裝基因組的不二選擇。
2. Hifiasm軟件
- 簡介
- Hifiasm是一個(gè)利用PacBio HiFi數(shù)據(jù)進(jìn)行從頭組裝基因組冠句，獲得單倍體基因組的組裝工具轻掩。
- 由哈佛大學(xué)李恒團(tuán)隊(duì)在2021年2月份開發(fā)，首次發(fā)表在Nature Methods上懦底。2022年在Nature biotechnology上發(fā)表論文，在Hifiasm中引入了Hi-C Integrated assembly 模式罕扎。
- Hifiasm被設(shè)計(jì)用于PacBio HiFi數(shù)據(jù)組裝基因組聚唐，使用在分型組裝圖（pahsed assembly graph）中表示單倍體信息的算法。
- 特點(diǎn)和優(yōu)勢
- 運(yùn)行速度很快腔召。半天時(shí)間可以組裝一個(gè)人類基因組杆查。
- 可以接受一種數(shù)據(jù)類群的多個(gè)輸入文件（如多個(gè)HiFi數(shù)據(jù)文件），并且合并作為一個(gè)文件輸入和多個(gè)文件輸入的結(jié)果不同臀蛛，建議就保持多個(gè)文件輸入亲桦。
- 傾向于盡量組裝更長的contigs。
- 能夠更好地解決片段重復(fù)（segmental duplications）
- 可以利用Hi-C數(shù)據(jù)或/和親本二代Illumina測序數(shù)據(jù)獲得解析良好的單倍型組裝浊仆。
- 也可以利用Oxford Nanopore數(shù)據(jù)獲得端粒到端粒的組裝客峭。
- Hifiasm簡化了組裝流程
- 內(nèi)置了清除haplotigs之間的重復(fù)（duplications）的程序，無需第三方工具（如purge_dups）抡柿。
- 組裝完成后無需polish工具（如pilon舔琅，racon）進(jìn)行polish。
3. references
- Hifiasm manual：https://hifiasm.readthedocs.io/_/downloads/en/latest/pdf/
- Hifiasm介紹：https://www.bilibili.com/read/cv18775152/
- hifiasm組裝（多個(gè)cell的HiFi輸入文件）的不同結(jié)果：https://mdnice.com/writing/25f5a8fe3bfe4474ae1bdcab44604da9
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