MITOS2可用于注釋后生動物以及真菌等線粒體基因組注釋岔留,主要注釋線粒體18個核心基因(atp6 atp8 atp9 cob cox1 cox2 cox3 dpo lagli msh1 mttb nad1 nad2 nad3 nad4 nad4l nad5 nad6)
GitLab下載網(wǎng)站 MITOS GutLib饮笛,可用于linux系統(tǒng)上進(jìn)行分析瘪阁,
MITOS在線分析網(wǎng)站MITOS在線分析工具秀菱,可以將多個個體的線粒體基因組序列合并一起成fasta文件提交
以下講述linux安裝使用
安裝
pip3 install mitos -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
下載參考基因數(shù)據(jù)庫Reference data,小編這里下載refseq63m.tar.bz2
使用
runmitos.py -i sequence.fa -c 2 -r refseq63m --refdir /path/refdata -o output
參數(shù)可以參考在線網(wǎng)站上的參數(shù):
-c參數(shù)是選用物種類別,2表示脊椎動物叮趴,4表示霉菌辆沦,5表示無脊椎動物
-r參考序列庫,自己下載的庫名稱
--refdir參考庫所在路徑