GEO數(shù)據(jù)挖掘--下載數(shù)據(jù)的3種方式

rm(list = ls())
## 魔幻操作慕趴,一鍵清空~當(dāng)前環(huán)境中對(duì)象全部刪除
options(stringsAsFactors = F)
#在調(diào)用as.data.frame的時(shí),將stringsAsFactors設(shè)置為FALSE可以避免character類(lèi)型自動(dòng)轉(zhuǎn)化為factor類(lèi)型

數(shù)據(jù)下載

下載方式1GEOquery

# library(GEOquery)
gse_number = "GSE42872"#修改號(hào)碼
# eSet <- getGEO(gse_number, 
#                destdir = '.',#.當(dāng)前目錄的意思 
#                getGPL = F)#gpl注釋先不下載下來(lái)
#如果本地有就讀取了本地。
#下不了,去網(wǎng)站自己下叹阔,放進(jìn)來(lái)
#檢查是否下完整 查看大小

下載方式2 優(yōu)選

速度較快

# library(devtools)
# install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
library(AnnoProbe)
eSet<-geoChina("GSE42872")

下載方式3

#devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray")
# library(tinyarray)
# geo = geo_download("GSE42872")
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
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