甲基化組學全流程分析和可視化教程
讀取數(shù)據(jù)目錄下的idat文件的甲基化全流程一鍵分析
功能簡介
- 甲基化分析模塊可以實現(xiàn)甲基化芯片450K, 870kEPIC數(shù)據(jù)的自動讀取，可以讀取idat文件，也可以讀取beta甲基化矩陣文件
- 甲基化數(shù)據(jù)的缺失值插值
- 甲基化數(shù)據(jù)的質(zhì)控分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的歸一化處理分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的SVD分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的Combat去除批次效應(yīng)分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的DMP差異甲基化位點分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的DMR差異甲基化區(qū)域分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的差異block分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的GSEA分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的CNA分析
參數(shù)解釋
func_arraytype:可選450k或EPIC,EPIC是870K的甲基化芯片
func_resultsDir: 分析結(jié)果要保存的目錄
func_compare__groups__str: 做DMP和DMR分析時候要指定的比較分組,多個分組間用;號隔開
func_runBlock:是否進行比較耗時的block分析,默認為FALSE
func_runGSEA: 是否進行比較耗時的GSEA分析,默認為FALSE
func_runCNA: 是否進行比較耗時的CNA分析,默認為FALSE
nested_function: 是否嵌套函數(shù)
run_file_path: 甲基化.idat格式的原始數(shù)據(jù)所在的目錄
run_read_file:是否要讀取文件
run_analysis_type_name: 分析項目名稱
run_add__res__dir: 是否要創(chuàng)建res_dir結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix: 是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir:是否在上一級目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
參數(shù)給定的默認值
func_arraytype: 450K ;
func_resultsDir: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/ ;
func_compare__groups__str: T-C ; func_runBlock: FALSE ; func_runGSEA: FALSE ; func_runCNA: FALSE ; nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_raw/ ;
run_read_file: FALSE ; run_analysis_type_name: 10.met_analysis_from_idat ;
run_add__res__dir: FALSE ; run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE
窗口截圖
運行中的顯示信息
執(zhí)行中亏掀，請稍后, 運行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data/methylation; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.met_analysis_from_idat_last_final_run_res_log.csv
運行完成的顯示信息
結(jié)果展示
讀取甲基化beta矩陣文件的甲基化全流程一鍵分析
功能簡介
- 甲基化分析模塊可以實現(xiàn)甲基化芯片450K, 870kEPIC數(shù)據(jù)的自動讀取一膨，可以讀取idat文件龙考，也可以讀取beta甲基化矩陣文件
- 甲基化數(shù)據(jù)的缺失值插值
- 甲基化數(shù)據(jù)的質(zhì)控分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的歸一化處理分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的SVD分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的Combat去除批次效應(yīng)分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的DMP差異甲基化位點分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的DMR差異甲基化區(qū)域分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的差異block分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的GSEA分析
- 甲基化數(shù)據(jù)的CNA分析
模塊使用講解
參數(shù)解釋
func_arraytype: 可選450k或EPIC,EPIC是870K的甲基化芯片
func_met__probe__col:甲基化探針所在的列名,當從beta文件開始分析時匙睹，要提供
func_resultsDir：分析結(jié)果要保存的目錄
func_sample__anno__file：樣本注釋信息的文件咐鹤，默認是空轻局，如果file_path給的是beta矩陣文件，則需要給出sample.anno.file
func_compare__groups__str：做DMP和DMR分析時候要指定的比較分組,多個分組間用;號隔開
func_runBlock： 是否進行比較耗時的block分析,默認為FALSE
func_runGSEA：是否進行比較耗時的GSEA分析,默認為FALSE
func_runCNA：是否進行比較耗時的CNA分析,默認為FALSE
nested_function：是否嵌套函數(shù)
run_file_path：甲基化beta矩陣的文件路徑
run_read_file:是否要讀取文件
run_analysis_type_name:分析項目名稱
run_add__res__dir:是否要創(chuàng)建res_dir結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix京办；是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir：是否在上一級目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
給定參數(shù)的默認值
func_arraytype: 450K ;
func_met__probe__col: V1 ;
func_resultsDir: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/ ; func_sample__anno__file: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/myImpute_pd.csv ; func_compare__groups__str: T-C ; func_runBlock: FALSE ;
func_runGSEA: FALSE ;
func_runCNA: FALSE ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/myLoad_beta.csv ;
run_read_file: FALSE ;
run_analysis_type_name: 10.met_analysis_from_beta ;
run_add__res__dir: FALSE ;
run_add_save_file_prefix: FALSE ;
run_add__parent__dir: FALSE
窗口截圖
運行中的顯示信息
分析正在執(zhí)行中，請稍后, 運行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results; 運行結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results\10.met_analysis_from_beta_last_final_run_res_log.csv
結(jié)果展示
樣本的PCA分群聚類分析和剔除異常樣本
樣本的PCA分群聚類分析
刪除異常樣本
剔除異常樣本后再次進行PCA分群聚類分析
DMRs差異甲基化區(qū)域的基因組circos圖
參數(shù)解釋
func_chr__col: bed文件中染色體編號所在的列名
func_start__col: bed文件中起始位置所在的列名
func_end__col: bed文件中終止位置所在的列名
func_value__col: bed文件中結(jié)果數(shù)值所在的列名
func_use__value__threshold: 是否對value的閾值進行篩選,默認為TRUE
func_value__threshold: bed文件中結(jié)果數(shù)值的閾值,默認為0
func_p__value__col: bed文件中p值所在的列名
func_title:圖表的標題
func_chr__track:是否繪制不同顏色的染色體軌道
func_species:物種的基因組版本號
nested_function:是否嵌套函數(shù)
run_file_path:甲基化DMRs結(jié)果的文件路徑
run_read_file:是否要讀取文件
run_analysis_type_name:分析項目名稱
run_add__res__dir:是否要創(chuàng)建res_dir結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix:是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir:是否在上一級目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
已給定參數(shù)的默認值
func_chr__col: seqnames ;
func_start__col: start ;
func_end__col: end ;
func_value__col: value ;
func_use__value__threshold: TRUE ;
func_value__threshold: 0 ;
func_p__value__col: p.value ;
func_title: DMRs genome plot ;
func_chr__track: FALSE ;
func_species: hg19 ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/myDMR_BumphunterDMR.csv ; run_read_file: FALSE ;
run_analysis_type_name: 10.circlize_plot ;
run_add__res__dir: TRUE ;
run_add_save_file_prefix: TRUE ;
run_add__parent__dir: TRUE
運行中的顯示信息
分析正在執(zhí)行中，請稍后, 運行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.circlize_plot; 運行結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.circlize_plot\10.circlize_plot_last_final_run_res_log.csv
窗口截圖
運行完成的顯示信息
執(zhí)行已完成,運行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.circlize_plot; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.circlize_plot\10.circlize_plot_last_final_run_res_log.csv
結(jié)果展示
結(jié)果文件列表
Circos圖
差異甲基化位點結(jié)果的棒棒糖圖可視化
參數(shù)解釋
func_data__type:數(shù)據(jù)類型選擇methylation
func_sequence__type: 序列類型猾昆，是DNA還是protein
func_gtf__anno__file: hg19的基因組注釋gtf文件,450K和EPIC都是用的hg19基因組
func_gene__list__str:選擇繪制的基因,多個基因用分號分割來批量繪制
func_gene__col: DMP結(jié)果文件中基因名稱的列名
func_pos__col: DMP甲基化位點位置所在的列名
func_pos__name__col: 甲基化探針名稱所在的列名
func_value__col: DMP結(jié)果的組間甲基化差值所在的列名
func_pval__col: DMP結(jié)果的p值所在的列名
nested_function: 是否嵌套函數(shù)
run_file_path: 甲基化DMP結(jié)果的文件路徑
run_read_file: 是否要讀取文件
run_analysis_type_name: 分析項目名稱
run_add__res__dir: 是否要創(chuàng)建res_dir結(jié)果目錄
run_add_save_file_prefix: 是否要添加結(jié)果保存文件的前綴
run_add__parent__dir:是否在上一級目錄下創(chuàng)建目錄或保存結(jié)果
提交
已給定的參數(shù)默認值
func_data__type: methylation ;
func_sequence__type: DNA ;
func_gtf__anno__file: E:/data/download/Homo_sapiens.GRCh37.75.genome_anno.csv ; func_gene__list__str: HOXB3;CLDN18 ;
func_gene__col: gene ;
func_pos__col: MAPINFO ;
func_pos__name__col: V1 ;
func_value__col: Diff.Value ;
func_pval__col: P.Value ;
nested_function: TRUE ;
run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/myDMP_C_to_T_with_gene_anno.csv ; run_read_file: FALSE ;
run_analysis_type_name: 9.met_lollipot_plot ;
run_add__res__dir: TRUE ;
run_add_save_file_prefix: TRUE ;
run_add__parent__dir: TRUE
窗口截圖
運行中的顯示信息
執(zhí)行中，請稍后, 運行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\9.met_lollipot_plot; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\9.met_lollipot_plot\9.met_lollipot_plot_last_final_run_res_log.csv
運行完成的顯示信息
執(zhí)行已完成,運行結(jié)果保存的目錄位置為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\9.met_lollipot_plot; 分析結(jié)果日志保存的路徑為: D:/omics_tools/demo_data/methylation\9.met_lollipot_plot\9.met_lollipot_plot_last_final_run_res_log.csv
結(jié)果展示
結(jié)果文件列表
結(jié)果圖
差異甲基化DMPs的統(tǒng)計分析條形圖可視化
差異甲基化基因的火山圖繪制
差異甲基化基因的GO骡苞，KEGG和GSEA富集分析
差異甲基化基因的GO和KEGG富集分析
GO富集分析結(jié)果圖
KEGG富集分析結(jié)果圖
GSEA富集分析
