基因ID類型
常見基因ID類型包含Gene ID憾朴，Gene Symbol资柔，Ensembl ID慧脱，RefSeq Accesion Number等。
Gene ID（Entrez Gene ID）：來(lái)源于Entrez?基因數(shù)據(jù)庫(kù)的編號(hào)系統(tǒng)签餐，Entrez?基因數(shù)據(jù)庫(kù)歸屬于NCBI的子數(shù)據(jù)庫(kù)，整合了核酸盯串、蛋白氯檐、基因組等生物信息檢索系統(tǒng)。Gene ID也是目前最權(quán)威的基因ID編號(hào)体捏，格式為一串?dāng)?shù)字冠摄，以CDKN1A基因?yàn)槔梢酝ㄟ^(guò)NCBI網(wǎng)站中Gene去進(jìn)行搜索几缭，檢索如下河泳，緊跟著CDKN1A那欄標(biāo)注了Gene ID：1026。
在Gene界面奏司，我們可以看到該信息的Summary乔询，包含Officical Symbol，Official Full Name韵洋，Primary source等竿刁，另外我們還可以看到其Ensembl number，如CDKN1A搪缨，Ensembl:ENSG00000124762?MIM:116899食拜。該基因是否屬于蛋白編碼基因，這里我們可以看到CDKN1A的Gene type屬于protein coding副编；RefSeq status為Reviewed（人工審核）负甸；Organism：Homo sapiens；Lineage：細(xì)胞系來(lái)源痹届；以及不同的基因Symbol叫法呻待。該基因的概述等。
Gene symbol：剛才我們介紹了NCBI中Gene頁(yè)面队腐，我們?cè)赟ummary的第一欄顯示的是Official Symbol廊营，就是我們通常所說(shuō)的Gene symbol匾南。物種來(lái)源于人的情连，由HGNC（人類基因命名委員會(huì)）命名，同理小鼠來(lái)源的由MGNC命名秘通，大鼠來(lái)源的由RGNC命名。第二欄中的Official Full Name也是由基因命名委員會(huì)批準(zhǔn)的基因名稱敛熬。
Ensembl ID：我們可以在NCBI Gene中可以查詢到肺稀，另外就是Ensembl主頁(yè)中檢索。其命名規(guī)則包含五個(gè)部分应民，ENS前綴话原，提醒我們?cè)撁麃?lái)源于Ensembl ID，第二部分物種的前綴瑞妇，第三部分Object type稿静，G就是基因，P指蛋白辕狰，我們通過(guò)我們的示例改备，Ensembl:ENSG00000124762?MIM:116899，可以看出該Ensembl ID是個(gè)基因名稱蔓倍，第四部分悬钳，identifier，是一段特定的數(shù)字偶翅，第五部分默勾，版本號(hào)。如果沒(méi)有物種的前綴聚谁，則默認(rèn)物種是人母剥。但是注明的是這五個(gè)部分不一定都具備的。
RefSeq?Accesion?Number：即RefSeq?ID形导，其數(shù)據(jù)庫(kù)也是由NCBI?提供的具有生物意義的非冗余的基因或蛋白質(zhì)片段數(shù)據(jù)庫(kù)环疼。在NCBI?Gene搜索下，我們可以看到RefSeq?狀態(tài)朵耕，包括MODEL炫隶，INFERRED，PREDICTED阎曹，REVIEWED伪阶，VALIDATED等狀態(tài)，我們示例顯示的就是REVIEWED处嫌，表明該數(shù)據(jù)人工審核過(guò)栅贴，可信度還是比較高的。
這里就簡(jiǎn)單對(duì)基因常見類型ID進(jìn)行概述熏迹，咱們下期再見筹误。
