首先訪問SRA的提交界面,https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/,在沒有登陸NCBI時色建,網(wǎng)頁內(nèi)容如下所示
點擊Log in, 會進入一個新的網(wǎng)頁用于登陸或者創(chuàng)建新的NCBI賬戶帆疟。
在創(chuàng)建完賬號或者登陸之后,返回之前的SRA上傳頁面复旬,界面就變成了如下。
他提示了有三種方法可以遞交:
- Aspera瀏覽器插件
- Aspera命令行和FTP上傳
- Amzon S3方式
個人比較喜歡用Aspera命令行的方式(FTP對于國內(nèi)用戶或許有點慢)
在Apeara命令和FPT上傳選項中點擊如下的藍色小按鈕
點擊之后冲泥,頁面就會發(fā)生變化驹碍,跳出每個用戶專門的預(yù)上傳地址壁涎,還有專門的上傳說明文字。
有了地址之后志秃,下一步就是安裝Aspera, 在Aspera上選擇合適的版本怔球,我裝的就是Linux版本。
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
tar xf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
./ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh
安裝的內(nèi)容存放在~/.aspera/connect
下洽损。所使用到的命令如下
ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/每個人都不同
<path/to/key_file>
要點擊上圖中的Get the key file
下載庞溜,然后上傳到服務(wù)器上。
<path/to/folder/containing files>
是你需要上傳的數(shù)據(jù)的本地路徑碑定。
或者你對你自己的FTP速度有足夠自信的話流码,可以嘗試用FTP上傳,在FTP upload中找到地址延刘、用戶名和密碼漫试,以及要上傳的目錄,
之后就隨便找一個圖形化的FTP工具上傳即可碘赖,例如FileZilla
所有數(shù)據(jù)上傳之后驾荣,你可以點擊頁面的New submission創(chuàng)建一個新的上傳任務(wù)。
然后就是一步一步的填寫信息普泡,將你預(yù)先上傳的數(shù)據(jù)和你的項目進行關(guān)聯(lián)播掷。這里的SUBXXXX是臨時的,完成上傳后就自動無效撼班,并且還可以反悔中途取消掉歧匈。