根據(jù)編號(hào)修改fasta序列名
讀取rename_list.txt文件，有兩列，第一列是編號(hào)背镇，第二列待改的名字，該文件開(kāi)頭內(nèi)容如下：
L019 L019_Scutellaria_grossecrenata
L020 L020_Clinopodium_chinense
L021 L021_Prunella_vulgaris
L022 L022_Isodon_sp
L023 L023_Scutellaria_indica
讀取rename文件夾下的fasta文件泽裳，檢查這些fasta文件名的開(kāi)頭是否與上面文件的第一列編號(hào)對(duì)應(yīng)瞒斩，如果對(duì)應(yīng)的話，就將里面的>符號(hào)后的序列名字改為對(duì)應(yīng)的第二列.這些fasta文件名如：L019huangqinshu.fasta涮总，并沒(méi)有下劃線济瓢，但是前4個(gè)字符就是編號(hào)，另外妹卿，將改好的文件放入change文件夾中旺矾，源文件不變.
這個(gè)腳本的工作原理如下：
讀取rename_list.txt文件并將編號(hào)和對(duì)應(yīng)的名字存儲(chǔ)在一個(gè)字典中。
遍歷rename文件夾下的所有fasta文件夺克，檢查文件名前4個(gè)字符是否在字典中箕宙。
如果編號(hào)在字典中，修改fasta文件中的序列名稱為對(duì)應(yīng)的名字铺纽，并將修改后的文件保存到change文件夾中柬帕，而不修改源文件。
確保將腳本與rename_list.txt文件狡门、rename文件夾和change文件夾放在同一目錄下運(yùn)行陷寝。
import os
# 讀取rename_list.txt文件
rename_dict = {}
with open('rename_list.txt', 'r') as f:
for line in f:
if line.strip(): # 忽略空行
parts = line.strip().split('\t')
if len(parts) == 2:
rename_dict[parts[0]] = parts[1]
# 處理rename文件夾下的fasta文件
rename_folder = 'rename'
change_folder = 'change'
os.makedirs(change_folder, exist_ok=True)
for filename in os.listdir(rename_folder):
file_path = os.path.join(rename_folder, filename)
file_id = filename[:4] # 獲取文件名前4個(gè)字符作為編號(hào)
if file_id in rename_dict:
new_name = rename_dict[file_id]
with open(file_path, 'r') as f:
lines = f.readlines()
# 修改fasta文件中的序列名稱
new_file_path = os.path.join(change_folder, filename)
with open(new_file_path, 'w') as f:
for line in lines:
if line.startswith('>'):
line = f'>{new_name}\n'
f.write(line)
print("所有符合條件的fasta文件已修改并保存到change文件夾中。")
掃描指定文件夾下的fas為后綴的文件其馏，fasta格式凤跑，如果里面的序列少于38個(gè)，打印出文件名
import os
from Bio import SeqIO
def scan_fasta_files(folder_path):
# 遍歷文件夾中的所有文件
for file_name in os.listdir(folder_path):
# 檢查文件是否以 .fas 結(jié)尾
if file_name.endswith('.fas'):
file_path = os.path.join(folder_path, file_name)
# 讀取fasta文件中的序列
sequences = list(SeqIO.parse(file_path, "fasta"))
# 如果序列少于38個(gè)叛复，打印文件名
if len(sequences) < 38:
print(file_name)
# 使用示例
folder_path = "/path/to/your/folder" # 將此路徑替換為您的文件夾路徑
scan_fasta_files(folder_path)
