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R Markdown學(xué)術(shù)寫作系列教程
R Markdown學(xué)術(shù)寫作系列教程 - 專欄課程 - 醫(yī)咖會 (mediecogroup.com)
8節(jié)課戚长，免費，帶你快速入門荞驴。
項目源碼地址
googlable/rmd_china - 碼云 - 開源中國 (gitee.com)
或
hao203/rmd_china: R Markdown學(xué)術(shù)寫作視頻配套文件 (github.com)
或
代碼瀏覽 - rmd_china - Rtutor - (coding.net)
R Markdown學(xué)術(shù)寫作教程
為什么要學(xué)R Markdown? 我給你10個理由
R Markdown學(xué)術(shù)寫作的優(yōu)勢一句話：all in one。
1個Rstudio可以把學(xué)術(shù)寫作的所有要素全部集中，不需要額外的軟件车荔。一個R Markdown文件锻弓，一個完整的workflow，完全復(fù)現(xiàn)你寫作中的方方面面蔫骂。從數(shù)據(jù)清洗么翰、分析、寫作辽旋、發(fā)表一條龍服務(wù)浩嫌。
- 支持markdown語法，可以分享在任何支持markdown語法的博客和Github上补胚。Markdown基本語法5分鐘左右即可掌握码耐，不會出現(xiàn)亂七八糟的格式，避免了word各種繁瑣的格式調(diào)整溶其。
- 所有的數(shù)據(jù)分析都可以在寫作中骚腥，邊寫邊呈現(xiàn)結(jié)果∑刻樱可以隨意定制束铭，如是否顯示輸出結(jié)果、是否顯示圖片厢绝，是否顯示代碼纯露。隨意控制輸出的樣式，如圖片大小代芜、坐標(biāo)樣式埠褪。臃腫的SAS、SPSS挤庇、Stata幾乎都可以拋棄（Rstudio具備優(yōu)秀的數(shù)據(jù)分析和可視化包）钞速。
- 不需要額外的參考文獻(xiàn)管理工具，最新版的Rstudio 1.4默認(rèn)集成了文獻(xiàn)管理嫡秕，支持Bib文獻(xiàn)庫（即Bibtex）渴语。參考文獻(xiàn)的style史上最全，兼容CSL的style昆咽，隨意切換驾凶，快速達(dá)到投稿要求牙甫。
- 幾乎覆蓋了所有出版集團(tuán)的寫作模板（如Elsevier，springer调违，MDPI等）窟哺。
- 支持除R以外的其他編程語言，如Python技肩、SQL且轨、D3、Rcpp（C++）等虚婿。
- 支持LaTeX的排版和語法旋奢。
- 支持輸出幾乎所有主流的格式，包括html/pdf/docx/pptx/md等然痊。
- 適應(yīng)任何寫作目的：manuscript至朗、book、presentation剧浸、blog爽丹、CV、post辛蚊。
- 更好的協(xié)作性粤蝎。自帶git模塊，版本管理袋马，團(tuán)隊協(xié)作游刃有余初澎。
- 幾行代碼自動生成美觀的表格，Table 1 和OR可以通過相應(yīng)的包自動測算并輸出虑凛。
介紹
R Markdown學(xué)術(shù)寫作課程（醫(yī)咖會）碑宴，該課的主要目的是為提高基于R的科學(xué)研究便捷性、高效性桑谍、可重復(fù)性延柠。同時也是推廣R Markdown的中國化。
適用人群
科研工作者锣披、研究生贞间、數(shù)據(jù)科學(xué)從業(yè)者等
術(shù)語及文檔規(guī)范
- R語言 - 使用大寫字母R
- Rstudio和R程序均為英文界面和英文提示報錯
- R Markdown - 官方稱為R Markdown （同義詞Rmarkdown、R markdown等）
- rmarkdown - 這個是R Markdown 的包名稱雹仿，即需要安裝rmarkdown package才能進(jìn)行下一步的操作
- .Rmd - R Markdown文件擴(kuò)展名增热，首字母大寫
- R包的名字 - 全部使用小寫，如tidyverse胧辽、knitr...
- .Rmd代碼塊和命令行全部為小寫字母 - 布爾值除外（TRUE,FALSE）
- .Rmd代碼塊符號前后必須有空格 - 如 a <- 2 , b = 3 .
- 所有文件名稱均為英文
課程大綱
第一章 準(zhǔn)備工作與理論
- R Markdown是什么（生態(tài)峻仇、作者、歷史）
- R Markdown寫作的優(yōu)勢（相較于word邑商、jupyter notebook）
- all in one (即將寫作和統(tǒng)計分析摄咆、作圖融合在一起凡蚜，一個程序解決所有問題)
- 兼容markdown語法、可以運行除R以外的代碼（python吭从、SQL等）
- 可以將文檔轉(zhuǎn)化成常見格式朝蜘，便于發(fā)布和整理
- 可以和git融合，方便版本控制影锈，天生開源特性
- 豐富的模板和自動化操作
- 可復(fù)現(xiàn)/可重復(fù)性（Reproducible）是學(xué)術(shù)研究的命脈
- R Markdown的工作原理及結(jié)構(gòu)
-
rmarkdown包依賴knitr 和 Pandoc進(jìn)行文件輸出和轉(zhuǎn)化 - Rmd文件結(jié)構(gòu)（yaml、text（markdown蝉绷、latex鸭廷、html）、code chunk）
-
- 可以做什么
- 寫論文
- 寫書
- 寫畢業(yè)論文
- 寫學(xué)術(shù)墻報
- 寫簡歷
- ...
- Rstudio的安裝熔吗、設(shè)置和包管理
- Rstudio的安裝及注意事項
- Rstudio的設(shè)置
- 包管理（內(nèi)置方法辆床、devtools、remotes桅狠、pacman）
- R Markdown需要安裝的包
- tinytex
- rticles
- tidyverse
- bookdown
第二章 基礎(chǔ)操作與參數(shù)講解
-
YAML頭部及參數(shù)
- YAML語法注意事項
- 常見參數(shù)設(shè)置title|author|output|toc|template|reference等
- ymlthis包快速設(shè)置
markdown語法速成（5分鐘）
-
chunk（代碼塊）
- 插入代碼塊（R和python演示）
- chunk option
-
表格
- 表格使用的包（flextable讼载、kableExtra）
- 管道操作%>% (magrittr)
- 和我一起Table one
-
圖片
- chunk生成圖片
- 外部圖片
-
引用
- csl及引文樣式
- 配合參考文獻(xiàn)管理工具（jabref、endnote中跌、zotero）
- 參考文獻(xiàn)引用（1.4版本說明）
- 文檔內(nèi)部引用（引用圖片咨堤、表格或某章節(jié)）
-
一些格式操作
- 分頁
- header latex設(shè)置和模板
- 首行縮進(jìn)
- 文檔拆分與合并
第三章 實戰(zhàn)學(xué)術(shù)寫作
- 實戰(zhàn)
- 寫一個完整的manuscript
- 關(guān)于rticles包
- 寫一個post（postdown包）
- 寫一本書，以ElegantBookdown: A bookdown wrapper for ElegantBook
這本開源書籍為例 - 寫一個學(xué)術(shù)簡歷（vitae包）
- 結(jié)語
- 我的一些理念
- 對R的未來暢想
- 致謝
關(guān)于作者
梁昊漩符，工作于湖南中醫(yī)藥大學(xué) 中醫(yī)診斷研究所一喘。 醫(yī)學(xué)博士，講師嗜暴，主治醫(yī)師,碩士研究生導(dǎo)師凸克。
半個碼農(nóng)，后半生準(zhǔn)備投身醫(yī)學(xué)人工智能闷沥。臨床擅長診治心血管疾病及兒科疾病萎战，尤其對失眠、久咳舆逃、小兒遺尿治療頗有心得蚂维。
