目的：完成基因與化合物的對(duì)接
步驟：
1. 安裝pymol，autodock tool，chemdraw 3d碎乃，vina腳本
2. 首先NCBI下載化合物2D結(jié)構(gòu)，用chemdraw 3d轉(zhuǎn)化為3D結(jié)構(gòu)惠奸，保存為.mol2格式
3. RCSB PDB 網(wǎng)站下載合適的基因蛋白三維圖梅誓，注意對(duì)應(yīng)配體以及基因符號(hào)名是否是需要的
4. 用pymol軟件進(jìn)行蛋白配體的拆分，分別保存文件
5. 用autodock tool軟件將化合物佛南、配體梗掰、蛋白分別保存為.pdbqt格式，并且找出配體中心坐標(biāo)
5. 填寫conf文本嗅回，將標(biāo)準(zhǔn)蛋白受體及穗、中心坐標(biāo)、長寬高填入進(jìn)去绵载；編輯對(duì)接腳本文件埂陆，注意vina安裝路徑不要有中文，如果批量運(yùn)行娃豹，直接*就可以
6. 腳本運(yùn)行后得到文件焚虱，有幾個(gè)mode的親和力，和log文件懂版；再用pymol將化合物和蛋白對(duì)接鹃栽，查看氫鍵，輸出圖片.png格式
注意：
1. 如果沒有對(duì)應(yīng)蛋白的PDB ID躯畴，可用swiss model建模民鼓，再輸入進(jìn)網(wǎng)址查看活性口袋，下載參數(shù)蓬抄，輸入ADT獲得中心坐標(biāo)摹察，再進(jìn)行后續(xù)對(duì)接
2. 也可從STRING導(dǎo)入SWISS MODEL得到蛋白3D結(jié)構(gòu)
