在學習的過程中發(fā)現(xiàn)一些不錯的網(wǎng)站記錄一下，在這里分享給大家晴裹。會不斷更新了啦~~~
knights lab||點擊進入
看這家實驗室開發(fā)的工具就知道他們有多牛了：NINJA-OPS、BugBase救赐、QIIME2、SourceTracker只磷。實驗室主任是Dan Knights经磅，一名計算微生物學家。 他的研究使用數(shù)據(jù)挖掘和機器學習來挖掘多種微生物和人類基因組數(shù)據(jù)來源以尋找與環(huán)境條件和人類疾病相關(guān)的模式钮追。當然生態(tài)方面也投入了相當大的精力预厌。
knight lab||點擊進入
這兩家實驗室只有一字只差，而且又是同行元媚，一開始還真容易搞混轧叽。不過他們的畫風還是蠻不一樣的。實驗室已經(jīng)開發(fā)出許多軟件工具和實驗室技術(shù)刊棕，可以實現(xiàn)高通量微生物組科學炭晒，包括QIIME（在撰寫本文時引用次數(shù)超過10,000次）和UniFrac（引用超過5000次，包括其網(wǎng)絡(luò)界面）甥角⊥希可見這兩家實驗室在開發(fā)QIIME中是有合作的。
Rob Knight是加州大學圣地亞哥分校微生物組創(chuàng)新中心和計算機科學與工程教授的創(chuàng)始主任嗤无。出版過《Follow Your Gut: The Enormous Impact of Tiny Microbes》（追隨你的腸道：微小微生物的巨大影響）震束、《Dirt is Good: The Advantage of Germs for Your Child’s Developing Immune System》（污垢是好的：細菌為你的孩子發(fā)展免疫系統(tǒng)的優(yōu)勢）怜庸，以及在TED上面發(fā)表的演講。他的工作將微生物與包括肥胖和炎癥性腸病在內(nèi)的一系列健康狀況聯(lián)系起來垢村，增強了我們對從海洋到苔原等環(huán)境中微生物的認識割疾，并使全世界成千上萬的研究人員能夠輕松利用高通量測序技術(shù)展開自己的研究。
Holt Lab||點擊進入
我們是一個計算基因組學和測序?qū)嶒炇壹嗡ǎ褂没蚪M測序宏榕，系統(tǒng)發(fā)育學，時空分析和流行病學來研究細菌病原體的進化和傳播胸懈，包括傷寒担扑，痢疾，大腸桿菌腹瀉和肺結(jié)核等熱帶疾病趣钱。 我們對抗微生物藥物耐藥性的全球健康危機特別感興趣涌献，利用基因組流行病學工具了解多藥耐藥病原體的進化歷史和全球傳播，并開發(fā)新的工具用于前瞻性監(jiān)測和跟蹤公共衛(wèi)生和臨床傳染病中出現(xiàn)的問題首有。
Galaxy||點擊進入
Galaxy可以說是大名鼎鼎了燕垃，集成了很多宏基因組、擴增子井联、功能分析的分析點卜壕。而且每一種分析方法都給出了實例文件，方便易學烙常。這里為宏基因組和功能基因組分析提供了大量資源轴捎，供研究和學術(shù)使用。 請參閱左側(cè)的菜單和文件夾蚕脏，以獲取可用工具的概述侦副，包括文檔，樣本數(shù)據(jù)等驼鞭。這里提供的工具無需創(chuàng)建帳戶秦驯。 但是，強烈建議您創(chuàng)建一個帳戶挣棕，以便訪問歷史記錄和已保存的分析译隘，數(shù)據(jù)集和工作流程。
Welcome to the GUide to STatistical Analysis in Microbial Ecology |點擊進入
有很多簡單的圖示來說明多元分析的原理洛心，可以說非常有愛了固耘。而且呢，里面的多元分析也比較全皂甘，聚類啦玻驻，排序啦，都有的。
Numerical Ecology with R |點擊進入
《數(shù)量生態(tài)學：R語言的應(yīng)用》一書的在線英語原版璧瞬，提供書中的代碼和實例數(shù)據(jù)户辫。原汁原味的講解什么叫聚類，什么叫排序以及空間分析嗤锉∮婊叮看完才知道一個物種豐度矩陣和一個環(huán)境因子矩陣就可以寫出一本書。
賴江山老師的博客 |點擊進入
《數(shù)量生態(tài)學：R語言的應(yīng)用》一書的中譯者瘟忱，國內(nèi)積極推動R語言在生態(tài)領(lǐng)域的應(yīng)用奥额。博客內(nèi)容雖然不是很系統(tǒng)但都是關(guān)于生態(tài)學和R應(yīng)用的小技巧，賴老師也是很用心的啦访诱。
David's Statistics|點擊進入
一個愛R的喜歡講統(tǒng)計的老外垫挨。
The Exelixis Lab |點擊進入
一家為樹而生的實驗室。
Katherine Ognyanova|點擊進入
一個很懂網(wǎng)絡(luò)圖的外國妹子触菜。
陳俊堯老師的網(wǎng)站 |點擊進入
這里有很多陳老師上課的資料和學生的交流九榔，課程也蠻多的，有微生物學涡相，環(huán)境微生物學哲泊，微生物多樣性，微生物生態(tài)與演化催蝗，細菌生理學切威。當然啦，也有統(tǒng)計知識和序列分析哦丙号。很萌的先朦，有沒有~~~
作者簡介：
| 屬性 | 值 |
|---|---|
| 姓名 | 周運來 |
| 性別 | 男（已婚） |
| 愛好 | 工作 |
| 業(yè)余 | 生活 |
