該包目前僅適用于利用 ggplot2 進(jìn)行繪制的圖形
我們?cè)诶胓gplot2進(jìn)行數(shù)據(jù)可視化的時(shí)候經(jīng)常會(huì)需要對(duì)兩組數(shù)據(jù)進(jìn)行比較松申，并添加顯著性標(biāo)記，自己學(xué)習(xí)之余，也給大家分享一個(gè)好用的添加顯著性標(biāo)記的包：ggsignif。
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ggsignif: Significance Brackets for ‘ggplot2’
PART1：安裝
#從cran安裝：
install.packages("ggsignif")
#從GitHub安裝（最新版）：
install.packages("remotes")
remotes::install_github("const-ae/ggsignif")
PART2：函數(shù)部分參數(shù)詳解
?geom_signif
函數(shù)幫助文檔如下：
geom_signif(
mapping = NULL,
data = NULL,
stat = "signif",
position = "identity",
na.rm = FALSE,
show.legend = NA,
inherit.aes = TRUE,
comparisons = NULL,
test = "wilcox.test",
test.args = NULL,
annotations = NULL,
map_signif_level = FALSE,
y_position = NULL,
xmin = NULL,
xmax = NULL,
margin_top = 0.05,
step_increase = 0,
extend_line = 0,
tip_length = 0.03,
size = 0.5,
textsize = 3.88,
family = "",
vjust = 0,
parse = FALSE,
manual = FALSE,
orientation = NA,
...
)
在這些里面墙杯，我們常用的一些參數(shù)就是這些啦：
· comparisons #指定比較對(duì)象，是一個(gè)由長度為2的向量組成的列表
· test #指定使用的檢驗(yàn)方法括荡，包括 wilcox.test 和 t.test
· annotations #指定注釋的內(nèi)容
· map_signif_level #布爾型變量高镐，如果為TRUE，就用諸如***的形式來展示顯著性差異
· y_position #指定標(biāo)記在y軸方向上的坐標(biāo)一汽，是個(gè)數(shù)字向量
· xmin, xmax #指定標(biāo)記在x軸方向上的位置避消，是個(gè)數(shù)字向量
· tip_length #指定標(biāo)記小豎線的長度，是個(gè)數(shù)字向量
· size #指定標(biāo)記尺寸召夹，即線條的粗線
· textsize #指定標(biāo)記中文字部分的大小
· family #指定標(biāo)記中文字部分的字體
· vjust #指定標(biāo)記部分中的文字與標(biāo)記中的短橫線之間的距離岩喷，負(fù)值在橫線上方，正值在下方
· orientation #指定整個(gè)圖的方向监憎，一般不會(huì)修改纱意，如果想讓圖“躺下”，就設(shè)置成為"y"
PART3：示例——以ggplot2內(nèi)置數(shù)據(jù)集mpg為例
問題描述：
我們想繪制一個(gè)箱型圖鲸阔，橫軸為每輛車的車型偷霉，縱坐標(biāo)為hwy迄委，使用mpg數(shù)據(jù)集，其結(jié)構(gòu)如下：
library(ggplot2)
head(mpg)
# A tibble: 6 x 11
manufacturer model displ year cyl trans drv cty hwy fl class
<chr> <chr> <dbl> <int> <int> <chr> <chr> <int> <int> <chr> <chr>
1 audi a4 1.8 1999 4 auto(l5) f 18 29 p compact
2 audi a4 1.8 1999 4 manual(m5) f 21 29 p compact
3 audi a4 2 2008 4 manual(m6) f 20 31 p compact
4 audi a4 2 2008 4 auto(av) f 21 30 p compact
5 audi a4 2.8 1999 6 auto(l5) f 16 26 p compact
6 audi a4 2.8 1999 6 manual(m5) f 18 26 p compact
開始繪制：
library(ggsignif)
ggplot(data = mpg, aes(x = class, y = hwy)) +
geom_boxplot(aes(group = class, fill = class), size = 1) + #指定箱子線條寬度為1
geom_signif(comparisons = list(c("midsize", "minivan"), c("compact", "midsize")), #指定比較對(duì)象
test = "t.test", #指定檢驗(yàn)方法
y_position = c(40, 47), #指定兩個(gè)標(biāo)記在y軸上的坐標(biāo)类少，按照前面指定比較對(duì)象的順序
size = 1, #指定標(biāo)記中線條的尺寸
textsize = 5, #指定標(biāo)記中文字部分的大小
vjust = -0.3, #指定標(biāo)記中文字部分與橫線之間的距離
tip_length = c(0.2, 0.45, 0.05, 0.05), #指定短豎線的長度
map_signif_level = T) +
scale_y_continuous(limits = c(10, 55)) +
theme(legend.position = "none",
panel.background = element_rect(fill = NA),
panel.border = element_rect(fill = NA, colour = "black", size = 1),
axis.title = element_text(size = 15, face = "bold"),
axis.text.x = element_text(size = 12, hjust = 1, angle = 45, color = "black"),
axis.title.y = element_text(size = 12, color = "black"))
成圖：
丑是丑了點(diǎn)叙身，但還是湊合，畢竟針對(duì)主題的修改美化沒有花大力氣硫狞。需要注意的幾個(gè)點(diǎn)：
- 關(guān)于y軸范圍：
y軸的范圍在這里很重要信轿，范圍不合適會(huì)直接導(dǎo)致顯著性標(biāo)記溢出圖外，顯示不全残吩，所以可以用 scale_y_*(limits = numeric.vecter) 或者 ylab() 指定范圍财忽，保證好看的前提下盡可能大一點(diǎn)。 - 關(guān)于短豎線的長度：
短豎線長度指定的數(shù)值向量中數(shù)值的順序應(yīng)該是與你指定的比較對(duì)象的出現(xiàn)順序是一致的泣侮，這個(gè)參數(shù)可以慢慢一個(gè)一個(gè)修改即彪，多試試就好了。
PART4：來點(diǎn)花的——何必一定是顯著性標(biāo)記活尊？
前面的函數(shù)幫助文檔里有 annotations 參數(shù)隶校，讓人不禁想試試（狗頭）。
話不多說酬凳，直接開始：
問題描述：我們想把上面的圖中的 NS. 和 *** 分別替換成為字母 A 和 B惠况。
一樣的代碼：
ggplot(data = mpg, aes(x = class, y = hwy)) +
geom_boxplot(aes(group = class, fill = class), size =1) +
geom_signif(comparisons = list(c("midsize", "minivan"), c("compact", "midsize")),
annotations = c("B", "A"), #差別在這兒
y_position = c(40, 47),
size = 1,
textsize = 5,
vjust = -0.3,
tip_length = c(0.2, 0.45, 0.05, 0.05)) +
scale_y_continuous(limits = c(10, 55)) +
theme(legend.position = "none",
panel.background = element_rect(fill = NA),
panel.border = element_rect(fill = NA, colour = "black", size = 1),
axis.title = element_text(size = 15, face = "bold"),
axis.text.x = element_text(size = 12, hjust = 1, angle = 45, color = "black"),
axis.title.y = element_text(size = 12, color = "black"))
出圖：
PART5：讓圖“躺”下來遭庶？
- 第一種方法：使用 orientation 參數(shù)：
ggplot(data = mpg, aes(x = hwy, y = class)) + #這里改了
geom_boxplot(aes(group = class, fill = class), size =1, orientation = "y") +
geom_signif(comparisons = list(c("midsize", "minivan"), c("compact", "midsize")),
test = "t.test",
y_position = c(40, 47),
size = 1,
textsize = 5,
vjust = -0.3,
tip_length = c(0.2, 0.45, 0.05, 0.05),
map_signif_level = T,
orientation = "y") + #這里改了
scale_x_continuous(limits = c(10, 55)) + #這里改了
theme(legend.position = "none",
panel.background = element_rect(fill = NA),
panel.border = element_rect(fill = NA, colour = "black", size = 1),
axis.title = element_text(size = 15, face = "bold"),
axis.text.x = element_text(size = 12, hjust = 1, angle = 45, color = "black"),
axis.title.y = element_text(size = 12, color = "black"))
- 第二種方法：使用 coord_flip() ：
ggplot(data = mpg, aes(x = class, y = hwy)) +
geom_boxplot(aes(group = class, fill = class), size =1) +
geom_signif(comparisons = list(c("midsize", "minivan"), c("compact", "midsize")),
test = "t.test",
y_position = c(40, 47),
size = 1,
textsize = 5,
vjust = -0.3,
tip_length = c(0.2, 0.45, 0.05, 0.05),
map_signif_level = T) +
scale_y_continuous(limits = c(10, 55)) +
theme(legend.position = "none",
panel.background = element_rect(fill = NA),
panel.border = element_rect(fill = NA, colour = "black", size = 1),
axis.title = element_text(size = 15, face = "bold"),
axis.text.x = element_text(size = 12, hjust = 1, angle = 45, color = "black"),
axis.title.y = element_text(size = 12, color = "black")) +
coord_flip() #只改了這里
出圖：
最后附上GitHub鏈接宁仔，有什么問題就去逛逛和留言吧~
https://github.com/const-ae/ggsignif
每天都進(jìn)行一個(gè)魚??的摸。峦睡。翎苫。
