初學(xué)者 推薦直接裝最新版R。見https://www.bilibili.com/video/BV1J44y1R7ci/
原來(lái)的4.3的使用者兄猩，如果要學(xué)單細(xì)胞的話玷犹，也是該更新了，4.4.x用起來(lái)沒什么問題舶吗。
由于R語(yǔ)言版本更新多半需要費(fèi)時(shí)間折騰一番征冷，所以有很多人是懶于更新的，比如我誓琼。
我這里記錄了4.3目前遇到的幾個(gè)問題检激，以及不更新R語(yǔ)言版本的解決辦法。
[TOC]
1.Matrix 包
他是Seurat的依賴包腹侣，必須要安裝好它叔收，否則Seurat受影響。
Matrix這個(gè)包傲隶，它的install.packges快捷安裝已經(jīng)不能直接使用饺律，因?yàn)橹恢С肿钚掳姹荆钚掳姹镜腗atrix要求R語(yǔ)言版本>=4.4.0
現(xiàn)在講的這個(gè)方法是安裝歷史版本的R包跺株，不僅適用于Matrix复濒，也適用于其它的包。
解決辦法是自行在網(wǎng)站上面復(fù)制它的舊版本的鏈接乒省，然后用手動(dòng)安裝的方法來(lái)裝巧颈。
所有的歷史版本R包都在：
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/
每一個(gè)包是一個(gè)文件夾，搜索Matrix袖扛，點(diǎn)進(jìn)去找比較新的版本即可砸泛。
install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Matrix/Matrix_1.6-5.tar.gz",repos = NULL)
2.Bioconductor的鏡像問題
這個(gè)問題在生信技能樹有介紹過：
https://mp.weixin.qq.com/s/qIuZ0D_CtDf9iv-ndnuV4g
BiocManager::install要配合西湖鏡像使用才可以,我們常用的清華和中科大鏡像都已經(jīng)只保留4.4適配的R包了，不能直接用。
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")
3.celldex更新了
這是一個(gè)singleR的附屬R包晾嘶，用于提供細(xì)胞注釋參考數(shù)據(jù)的。4.3版本能夠直接用BiocManager安裝的是舊版本娶吞，有7個(gè)參考數(shù)據(jù):
[1] "BlueprintEncodeData"
[2] "DatabaseImmuneCellExpressionData"
[3] "HumanPrimaryCellAtlasData"
[4] "ImmGenData"
[5] "MonacoImmuneData"
[6] "MouseRNAseqData"
[7] "NovershternHematopoieticData"
新版本除了這些參考數(shù)據(jù)之外還提供了一些新的函數(shù)垒迂。可以在網(wǎng)頁(yè)復(fù)制鏈接source package來(lái)裝妒蛇，問題是它有很多依賴包也是更新了的机断，也得挨個(gè)復(fù)制鏈接裝，比較麻煩绣夺。
每個(gè)R包都有自己對(duì)應(yīng)的頁(yè)面,下面這個(gè)鏈接把包名換掉即可直接跳轉(zhuǎn)：
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/celldex.html
第二個(gè)箭頭就是復(fù)制鏈接的地方??
要裝這么一大堆吏奸。。陶耍。
install.packages("https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/gypsum_1.0.1.tar.gz",repos = NULL)
install.packages("https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/rhdf5filters_1.16.0.tar.gz",repos = NULL)
install.packages("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/rhdf5_2.48.0.tar.gz",repos = NULL)
install.packages("https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/alabaster.base_1.4.2.tar.gz",repos = NULL)
install.packages("https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/alabaster.matrix_1.4.2.tar.gz",repos = NULL)
install.packages("https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/alabaster.se_1.4.1.tar.gz",repos = NULL)
install.packages("https://www.bioconductor.org/packages/release/data/experiment/src/contrib/celldex_1.14.0.tar.gz",repos = NULL)
library(celldex)
ls("package:celldex")
## [1] "BlueprintEncodeData" "DatabaseImmuneCellExpressionData"
## [3] "defineTextQuery" "fetchLatestVersion"
## [5] "fetchMetadata" "fetchReference"
## [7] "HumanPrimaryCellAtlasData" "ImmGenData"
## [9] "listReferences" "listVersions"
## [11] "MonacoImmuneData" "MouseRNAseqData"
## [13] "NovershternHematopoieticData" "saveReference"
## [15] "searchReferences" "surveyReferences"
新增的函數(shù)用處詳見：
4.gsva更新了
這個(gè)倒不需要4.3的同學(xué)干啥奋蔚，是以后更新到了4.4，對(duì)應(yīng)的代碼要改烈钞。
引用一個(gè)令我驕傲的學(xué)生(Lulu)的消息
老師的這條代碼ES = gsva(exp, h_list) 在版本更新后好像會(huì)報(bào)錯(cuò)Error in gsva(exp, h_list) : Calling gsva(expr=., gset.idx.list=., method=., …) is defunct; use a method-specific parameter object (see ‘?gsva’).
查閱了GSVA包的說明泊碑，這個(gè)代碼被更新掉了，現(xiàn)在用這個(gè)能跑：gsvapar <- gsvaParam(exp, h_list, maxDiff=TRUE) ES <- gsva(gsvapar)毯欣，等于是創(chuàng)建了gsva對(duì)象馒过。
什么神仙學(xué)生啊酗钞！發(fā)現(xiàn)問題腹忽、解決問題、表達(dá)清楚然后通知了老師砚作！
