UCSCXenaShiny包由我和幾位小伙伴共同開發(fā)朱浴，如果對您有幫助請致謝我們，并引用我們的R包，有什么問題也可以給我們反饋。
網(wǎng)址為https://github.com/openbiox/XenaShiny
Github
這個教程用于實(shí)現(xiàn)Tumor (TCGA)和Normal (GTEx)基因表達(dá)的比較
- 下載開發(fā)版本的R包
remotes::install_github("openbiox/XenaShiny")
注意更新所有的R包
- 運(yùn)行
library(UCSCXenaShiny)
app_run()
之后會在瀏覽器中出現(xiàn)Shiny的主界面
進(jìn)入Modules中的Visualization
界面
輸入感興趣的基因就可以了
我們提供了多種展示功能蚪拦，可以實(shí)現(xiàn)箱型圖，并實(shí)現(xiàn)統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)（Mann-Whitney U test, Tumor vs normal）
注：
- 這個過程因?yàn)閷?shí)時下載冻押，所以速度會有一些慢驰贷。
- 必須同時打開
show P value和Show P label開關(guān)才能看到P值標(biāo)注。 -
單位為 log2(tpm+0.001)翼雀。
展示
