scHLAcount允許我們使用個(gè)性化的參考基因組計(jì)算HLA I類基因HLA-A、B和C的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1, DRB1, DQA1, DQB1∷跞可以使用由替代方法確定的提供的HLA類型通今，也可以使用此工具分析HLA類型，然后根據(jù)這些調(diào)用進(jìn)行量化。
scHLAcount可用于檢測(cè)HLA基因的等位基因特異性表達(dá)夺巩。
它也可以通過(guò)將細(xì)胞特異性計(jì)數(shù)疊加到基于t-SNE投影的表達(dá)上來(lái)評(píng)估雜合性的喪失具练，并尋找完全喪失單倍型的聚類乍构。使用scHLAcount也可以評(píng)估HLA表達(dá)的一般損失，在此任務(wù)中扛点，它比默認(rèn)的Cell Ranger表現(xiàn)得更好哥遮，特別是在樣本具有與參考樣本不同的HLA單倍型的情況下。
下載：
https://github.com/10XGenomics/scHLAcount
下載地址：
https://github.com/10XGenomics/scHLAcount/releases
下載Source code (tar.gz)
當(dāng)前版本：scHLAcount-0.1.0.tar.gz
源碼安裝：（失斄昃俊）
tar zxvf scHLAcount-0.2.0.tar.gz
cd scHLAcount-0.1.0/
$ cargo build --release
Command 'cargo' not found, but can be installed with:
sudo snap install rustup # version 1.22.1, or
sudo apt install cargo # version 0.44.1-0ubuntu1~20.04.1
不成功眠饮，失敗了。
2. 直接下載編譯好的铜邮。（成功）
直接下載sc_hla_count_linux 并且 chmod 755 sc_hla_count_linux
測(cè)試：
測(cè)試test目錄下的文件：
cd test/
../sc_hla_count_linux --bam test.bam --cell-barcodes barcodes7.tsv -g genomic_ABC.fa -d fake_db/
正式使用：
目錄：
cd scHLAcount-test
./sc_hla_count_linux --bam /outs/possorted_genome_bam.bam --cell-barcodes barcodes.tsv -d /cygene/database/imgt-hla
備注：
Allele_status.txt這個(gè)文件來(lái)自 https://github.com/ANHIG/IMGTHLA
database中只需要下載：hla_gen.fasta, hla_nuc.fasta仪召。
barcode文件不能用壓縮文件寨蹋，否則會(huì)報(bào)錯(cuò)。
沒(méi)有報(bào)錯(cuò)扔茅！
成功
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