Protein domain：
結(jié)構(gòu)域domain的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定義結(jié)構(gòu)域為可以自動折疊的穩(wěn)定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單位疲迂。過去，結(jié)構(gòu)域被描述為，折疊單位糕珊，致密結(jié)構(gòu)單位，功能和進化單位毅糟。每個定義都是有效的并且經(jīng)常重疊红选。緊密結(jié)構(gòu)單位結(jié)構(gòu)域在很多不同的蛋白質(zhì)中被發(fā)現(xiàn)，它在結(jié)構(gòu)環(huán)境內(nèi)容易獨立折疊姆另。自然界經(jīng)常把幾個domains結(jié)合在一起形成多結(jié)構(gòu)域和多功能蛋白質(zhì)喇肋。在一個多結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)中，每一個結(jié)構(gòu)域可以獨立行使它自己的功能蜕青，或者和它的臨近蛋白協(xié)調(diào)一致的方式行駛苟蹈。Domains既可以作為模塊構(gòu)建大的復(fù)合體像病毒顆粒或肌纖維右核，也可以提供特定的催化或結(jié)合位點慧脱，這些都在酶或調(diào)節(jié)蛋白中被發(fā)現(xiàn)。
Motif和domain的區(qū)別
完全不同的兩個概念贺喝，但有時還有聯(lián)系菱鸥。
Motif：在生物學(xué)中是一個基于數(shù)據(jù)的數(shù)學(xué)統(tǒng)計模型，典型的是一段sequence也可以是一個結(jié)構(gòu)躏鱼，是特定的group的序列預(yù)測氮采，例如一個DNA sequence可以定義為轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點，也就是序列傾向于被這種factor結(jié)合染苛。對蛋白質(zhì)來說鹊漠，sequence motifs可以被定義為蛋白質(zhì)（蛋白質(zhì)序列）屬于一個給定的蛋白質(zhì)家族主到。一個簡單的motif可以是，例如躯概，一個模式pattern登钥，而這個模式被這個group中的所有成員共享。例如WTRXEKXXY（這里娶靡，X代表任何氨基酸）牧牢。當(dāng)然也有更復(fù)雜的motif模型。Motif有時和特定的功能聯(lián)系一起姿锭。
Protein domains：是一種結(jié)構(gòu)實體塔鳍，通常代表蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中獨立折疊和行駛功能的一部分。因此呻此，蛋白質(zhì)經(jīng)常是這些結(jié)構(gòu)域的不同的組合構(gòu)建起來的轮纫。
那，motif和domains之間有什么聯(lián)系趾诗？當(dāng)你考慮蛋白質(zhì)家族的時候蜡感，不僅要看整個序列，還有關(guān)注單獨結(jié)構(gòu)域恃泪。因為郑兴，它們是一個基本的功能結(jié)構(gòu)單位，因此找到單個結(jié)構(gòu)域domain的序列motif是很有意義的贝乎。因此情连，你經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)一個蛋白質(zhì)包含多個結(jié)構(gòu)域礁遣，每個結(jié)構(gòu)域都有一個與它所屬的家族motif匹配的序列晓淀。
最主要的區(qū)別是敬尺，domain是獨立的穩(wěn)定的司志，motif不是。
參考：2008.2：Disease candidate gene identification and prioritization using protein interaction networks
作者：Y大寬
鏈接：http://www.reibang.com/p/a08cc709b4ff
