· 配置下載鏡像
在RStudio自己的global option中透乾，設(shè)置Package的鏡像網(wǎng)站只能解決來(lái)自CRAN的R包下載速度問(wèn)題盆赤，但是對(duì)于Bioconductor阻塑，github等來(lái)源的R包無(wú)力解決从隆。為了確保我們可以自定義CRAN與Bioconductor的下載鏡像诚撵，下面介紹兩種方法：
·方法一：運(yùn)行以下R代碼
# options函數(shù)就是設(shè)置R運(yùn)行過(guò)程中的一些選項(xiàng)設(shè)置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #對(duì)應(yīng)清華源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #對(duì)應(yīng)中科大源
# 當(dāng)然可以換成其他地區(qū)的鏡像
options()$repos #檢驗(yàn)當(dāng)前的CRAN鏡像網(wǎng)站
options()$BioC_mirror #檢驗(yàn)當(dāng)前的Bioconductor鏡像網(wǎng)站
但是，使用這種方法最大的問(wèn)題在于键闺，下次再打開(kāi)RStudio時(shí)寿烟，RStudio仍然會(huì)將官方鏡像設(shè)為默認(rèn)。為了解決這個(gè)問(wèn)題艾杏，下面介紹方法二韧衣。
· 方法二：修改R配置文件
RStudio中有兩個(gè)很重要的配置文件：.Renviron和.Rprofile盅藻。在我們每次啟動(dòng)RSTudio時(shí)购桑，RStudio都會(huì)先將這些配置文件運(yùn)行一遍终娃。下面我們對(duì).Rprofile進(jìn)行一些編輯操作屏积，以修改每次打開(kāi)RStudio時(shí)的默認(rèn)鏡像。
輸入以下代碼骇径，以啟動(dòng)對(duì).Rprofile的編輯操作：
file.edit('~/.Rprofile')
輸入后假残，RStudio會(huì)自動(dòng)打開(kāi)一個(gè)新的腳本缭贡。在這個(gè)新打開(kāi)的腳本中輸入以下內(nèi)容：
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
將該腳本保存炉擅。這樣就完成了默認(rèn)鏡像的配置。以后每次打開(kāi)RStudio時(shí)都會(huì)使用以上的清華CRAN鏡像與中科大Bioconductor鏡像阳惹。
