grep -o
grep命令有一個(gè)參數(shù)-o赌躺,可以逐行輸出匹配的內(nèi)容,有多少個(gè)匹配就有多少行。所以這道題可以這么做
cat test.fa | grep -o "A" | wc -l
除了linux 命令行外,還可以使用python
f = open("path","r") ##open file
s = f.read() ##read
##.count() 方法可用于計(jì)數(shù)
print("%d %d %d %d" % (s.count("A"),s.count("T"),s.count("C"),s.count("G"))) ##normalized output