使用grep -o和python(.count)統(tǒng)計(jì)文件中某個(gè)字符串出現(xiàn)的次數(shù)

grep -o
grep命令有一個(gè)參數(shù)-o赌躺,可以逐行輸出匹配的內(nèi)容,有多少個(gè)匹配就有多少行。所以這道題可以這么做

cat test.fa | grep -o "A" | wc -l 

除了linux 命令行外,還可以使用python

f = open("path","r") ##open file
s = f.read()  ##read 
##.count() 方法可用于計(jì)數(shù)
print("%d %d %d %d" % (s.count("A"),s.count("T"),s.count("C"),s.count("G")))  ##normalized output

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