1.下載SRAToolkit
略
2. 配置
$ cd /software/biosoft/software/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin
$ ./vdb-config --interactive
### 或者把這個路徑加到 .bashrc 里侍郭，再敲vdb-config --interactive
出現(xiàn)交互式界面，更改數(shù)據(jù)下載路徑
這個界面是可以用鼠標點擊的！
保存亮元，退出猛计。
3.下載SRR數(shù)據(jù)
腳本
$ cat sra-download.sh
/software/biosoft/software/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/prefetch --max-size 2000GB --option-file SRR_Acc_List.txt
SRR_Acc_List.txt 中寫入需要下載的數(shù)據(jù)的SRR號,一行一個。
$ cat SRR_Acc_List.txt
SRR19134783
SRR13155957
SRR13155959
SRR13155962
運行
$ sh sra-download.sh
2022-06-23T07:26:05 prefetch.2.8.2: 1) Downloading 'SRR19134783'...
2022-06-23T07:26:05 prefetch.2.8.2: Downloading via https...
可以根據(jù)結(jié)果文件大小情況爆捞，推測還有多久能下載完成奉瘤。
$ ll /p300s/wangmx_group/ayunga/NCBI/sra
total 2645292
-rw-r--r-- 1 ayunga wangmx_group 0 Jun 23 15:23 SRR19134783.sra.lock
-rw-r--r-- 1 ayunga wangmx_group 2775907935 Jun 23 15:38 SRR19134783.sra.tmp.13239.tmp
下載的數(shù)據(jù)會存入 /p300s/wangmx_group/ayunga/NCBI/sra 目錄中。
