本系列課程要求大家有一定的R語言基礎(chǔ)耙替，對于完全零基礎(chǔ)的同學(xué)，建議去聽一下師兄的《生信必備技巧之——R語言基礎(chǔ)教程》曹体。本課程將從最基本的繪圖開始講解俗扇，深入淺出的帶大家理解和運用強大而靈活的ggplot2包。內(nèi)容包括如何利用ggplot2繪制散點圖箕别、線圖铜幽、柱狀圖、添加注解究孕、修改坐標(biāo)軸和圖例等啥酱。
本次課程所用的配套書籍是：《R Graphic Cookbooks》
除了以上的基本圖形外，師兄還會給大家講解箱線圖厨诸、提琴圖镶殷、熱圖、火山圖微酬、氣泡圖绘趋、桑基圖颗管、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制陷遮，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學(xué)起來吧垦江！
R語言繪圖練習(xí)03 -- 生存曲線繪制：
生存分析研究的是某個事件發(fā)生之前過去的時間帽馋，在臨床研究中最常見的應(yīng)用就是死亡率的估計(預(yù)測患者的生存時間)，不過生存分析也可以應(yīng)用于其他領(lǐng)域如機械故障時間等比吭。
在R中绽族，survival包中有很多函數(shù)可以對生存數(shù)據(jù)進(jìn)行建模，可以使用survfit()函數(shù)來估計刪失數(shù)據(jù)的生存曲線衩藤，在survminer包中吧慢，使用ggsurvplot()函數(shù)用來繪制Kaplan-Meier生存曲線。
今天就來學(xué)習(xí)在R中使用ggsurvplot()函數(shù)繪制Kaplan-Meier生存曲線赏表。
生存曲線01
代碼實現(xiàn)：
########加載這幾個做生存分析需要用到的包
library(survival)
library(dplyr)
library(survminer)
# 加載我的數(shù)據(jù)
d <- lung
head(d)
# 創(chuàng)建生存模型
# time對應(yīng)生存時間检诗，status就是事件的狀態(tài)拉匈仗，~sex就是分組，如果你用性別來分組逢慌，
# 就把你的性別那一列的列名換掉我的“group”悠轩，data就是你的數(shù)據(jù)名
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = d)
fit
ggsurvplot(fit, pval = TRUE,
conf.int = T,
conf.int.style="ribbon",
surv.median.line = "hv", # 增加中位生存時間
conf.int.alpha=0.1, #顯示置信區(qū)間
palette = "jco", # 設(shè)置顏色模式：可選調(diào)色板有 "grey","npg","aaas","lancet","jco","ucscgb","uchicago","simpsons"和"rickandmorty".
risk.table = TRUE # 添加風(fēng)險表；
)
生存曲線02
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