舉一個小例子：
通過在Snakefile中指定規(guī)則來定義Snakemake工作流。 規(guī)則通過指定如何從輸入文件集創(chuàng)建輸出文件集來將工作流分解為小步驟（例如崭倘，單個工具的應(yīng)用）类垫。Snakemake 通過匹配文件名自動確定規(guī)則之間的依賴關(guān)系。
1阔挠、比對reads
# 首先創(chuàng)建Snakefile文件购撼，然后在文件中編寫規(guī)則跪削，寫完后要記得給Snakefile加可操作權(quán)限-x
如果不是寫在Snakefile文件迂求，則snakemake --snakefile 文件名
rule bwa_map:
input:
"data/genome.fa", #常見錯誤是忘記輸入或輸出項之間的逗號揩局。由于Python連接后續(xù)字符串，這可能會導(dǎo)致意外行為凌盯。
"data/samples/A.fastq"
output:
"mapped_reads/A.bam"
shell:
"bwa mem {input} | samtools view -Sb - > {output}"
#以下文字文字為上述規(guī)則解讀：
一個Snakemake規(guī)則有一個名稱（此處為bwa_map）和一些指示（此處為input，output和shell）
在input和output指令之后是那些預(yù)計將在規(guī)則中使用或創(chuàng)建的文件列表在最簡單的情況下阐滩，這些只是Python字符串
shell指令后跟一個包含要執(zhí)行的shell命令县忌，此處通過{input}和{output}來指定輸入文件和輸出文件
由于規(guī)則有多個輸入文件，所以Snakemake將用空格將它們連接起來
換句話說装获，Snakemake在執(zhí)行命令之前將用data/genome.fa data/samples/A.fastq替換{input}
bwa mem的輸出通過管道成為samtools view的輸入厉颤，最終輸出到規(guī)則中的{output}中
2穴豫、bwa_map規(guī)則批處理
顯然，該規(guī)則僅適用于具有文件讀取的單個樣本data/samples/A.fastq绩郎。但是翁逞，Snakemake允許使用命名通配符來使規(guī)則可批處理。只需用通配符{sample}替換第二個輸入文件A和輸出文件状植。
SAMPLES = ['A','B','C']
rule all:
input:
expand('mapped_reads/{sample}.bam', sample=SAMPLES)
rule bwa_map:
input:
"data/genome.fa",
"data/samples/{sample}.fastq"
output:
"mapped_reads/{sample}.bam"
shell:
"bwa mem {input} | samtools view -Sb - > {output}"
#以下為注釋
此前碰到這個問題：WorkflowError:
Target rules may not contain wildcards. Please specify concrete files or a rule without wildcards.
直譯過來是：目標(biāo)規(guī)則可能不包含通配符怨喘，請指定沒有通配符的具體文件或規(guī)則
看似是通配符的使用問題，實則和 rule all 的 input 錯誤有關(guān)
Snakemake的rule all需要輸入一個列表肉拓，這個列表包括所有的步驟會產(chǎn)生的文件（也就是output）
實際上梳庆，Snakemake的工作機(jī)制是先通過shell產(chǎn)生output文件卑惜，再檢查這些output文件是否在指定的目錄下存在驻售，確認(rèn)存在后再執(zhí)行下一個rule
這個檢查過程就是通過尋找rule all下的input列表完成的
因此，在input列表沒寫清楚的情況下欺栗，如果在rule中還使用的通配符，就會發(fā)生相應(yīng)的報錯
改正方法就是修改你的input列表消请，確認(rèn)每一個rule輸出的文件和他們的目錄都存在于input列表下
此外瘤旨，請注意，如果rule有多個輸出文件存哲，Snakemake要求它們都具有完全相同的通配符。否則察滑，可能會發(fā)生同一rule中的兩個job寫同一個文件修肠。
snakemake對于沒有關(guān)聯(lián)的rule，其順序按rule名字母順序來
