FASTCORE系列算法主要用于構(gòu)建特定于上下文的模型，但也可應(yīng)用于其他任務(wù)熔萧，如間隙填充和一致性測試。FASTCORE家族的計(jì)算需求非常低，運(yùn)行時(shí)間比其主要競爭對手低幾個(gè)數(shù)量級荷科。此外，與其他算法的模型相比暇仲，F(xiàn)ASTCORE家族構(gòu)建的模型具有更好的分辨率(定義為捕獲不同組織步做、細(xì)胞類型或上下文之間的代謝變化的能力)。
COBRA工具箱
FASTCORE和FASTCC的另一個(gè)實(shí)現(xiàn)可以與其他解決方案一起運(yùn)行奈附，可以在COBRA工具箱[5]中找到全度。關(guān)于如何安裝cobra工具箱的更多說明可以在https://opencobra.github.io。此外斥滤，F(xiàn)ASTCORE的原始代碼可以很容易地修改為使用其他求解器将鸵。FASTCORE、fastgapfill和FASTCC的一個(gè)版本也可以在PSAMM新陳代謝建模工具箱6的python中找到佑颇。FASTCORMICS需要安裝R (https://cran.rproject顶掉。用于數(shù)據(jù)預(yù)處理。除了標(biāo)準(zhǔn)的微量分析所需的包如affy[7]或低聚糖8,和ggplots策劃[9],FASTCORMICS需要安裝frma包(10挑胸、11)和條形碼所使用的向量函數(shù)的引用等[11]hgu133——plus2barcodevecs HGU133plus2平臺[12]痒筒。用于frma標(biāo)準(zhǔn)化和條形碼離散化的包可以從Bioconductor網(wǎng)站下載(https://www.bioconductor.org)。質(zhì)量控制所需的其他軟件包也可以從Bioconductor或從R-cran (https://cran.r-project.org/)鏡像使用安裝。最后簿透，需要對人類進(jìn)行基因組級別的重建移袍，如Recon X [13, 14], Recon2.2 [15], HMR, and HMR 2.0。Barcode[11]目前可用于人和鼠老充∑系粒可在http://barcode.luhs.org/上找到受支持的陣列和cobra信息的詳細(xì)列表。
通量平衡分析(flux balance analysis, FBA)被廣泛應(yīng)用于基于約束的代謝模型分析啡浊。
Python虛擬環(huán)境安裝PSAMM和線性規(guī)劃求解器.
Python 2.7的用戶應(yīng)該對Python 2.6使用CPLEX觅够，同樣，Python 3.5或3.6的用戶應(yīng)該對Python 3.4使用CPLEX巷嚣。
