在安裝R包MTA時(shí)發(fā)現(xiàn)有些依賴的包沒(méi)有安裝板祝，反正在家閑來(lái)無(wú)事宫静，就拿出手記錄一下吧：
- 先找一個(gè)看著簡(jiǎn)單的R包
fda試試吧：
bingo!安裝上了！
接著安裝
toOrdinal,同樣是使用BiocManager::install()命令，問(wèn)題也得到了很好的解決孤里，安裝過(guò)程就不截圖了～在接下來(lái)温技，如法炮制，安裝
matlib扭粱，到這里就遇到問(wèn)題了舵鳞，也是我這兩天一直在折騰的地方：
有幾個(gè)包在安裝過(guò)程中遇到了報(bào)錯(cuò)，那就再單獨(dú)安裝一下這幾個(gè)軟件看具體的報(bào)錯(cuò)信信息琢蛤，首先是curl蜓堕，報(bào)錯(cuò)信息如下：
檢查$PATH后發(fā)現(xiàn)'pkg-config' 是在環(huán)境變量中的，但是我之前并未配置過(guò)$PKG_CONFIG_PATH博其，而且在相應(yīng)目錄/usr/local/lib/pkgconfig/下也沒(méi)有發(fā)現(xiàn)libcurl.pc文件套才，經(jīng)過(guò)網(wǎng)上搜索發(fā)現(xiàn)如下做法是可以解決這一問(wèn)題的：
$wget https://github.com/curl/curl/releases/download/curl-7_55_0/curl-7.55.0.tar.gz
$./configure
$make
$sudo make install
$export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/lib/pkgconfig/"
哈哈哈哈，我終于搞定了這個(gè)問(wèn)題......繼續(xù)慕淡！
這一問(wèn)題解決后背伴，立馬重新嘗試安裝R包matlib,原先安裝失敗的curl、rio峰髓、car都成功安裝傻寂，除了rgl以外，具體的報(bào)錯(cuò)信息如下：
在網(wǎng)上查了半天携兵，都在說(shuō)需要安裝可以提供gl.h文件的軟件疾掰，比如說(shuō)mesa-common-dev，但是通過(guò)查詢我使用的服務(wù)器上已經(jīng)安裝了相關(guān)的軟件徐紧，把這個(gè)文件添加到環(huán)境變量中或者重新安裝相關(guān)也沒(méi)有作用静檬。
所以我暫時(shí)還沒(méi)有找到解決這一問(wèn)題的辦法，待我再查詢一番......ps：安裝R包什么的最麻煩啦.......
aaaaa并级，搗鼓了好久都沒(méi)有搞定拂檩，先不管他了，回頭再弄他嘲碧！
---------------------------手動(dòng)分割線---------------------------------
- adephylo
同樣是使用BiocManager::install()安裝adephylo稻励，又雙叒叕遇到了問(wèn)題，問(wèn)題出現(xiàn)在了依賴包sf上：
解決策略是缺啥安啥：
$apt-file search gdal-config
libgdal-dev: /usr/bin/gdal-config
libgdal-dev: /usr/share/man/man1/gdal-config.1.gz
libgdal-doc: /usr/share/doc/libgdal-doc/gdal/gdal-config.html
$sudo apt-get install libgdal-dev
剛才的報(bào)錯(cuò)沒(méi)了呀潭，在安裝R包sf現(xiàn)在又出了另外一個(gè)報(bào)錯(cuò)：
單獨(dú)安裝sf查看報(bào)錯(cuò)信息`
安裝報(bào)錯(cuò)：
哎......要瘋钉迷，搗鼓了一個(gè)下午都沒(méi)把這個(gè)sf安上......
-----------再來(lái)個(gè)手動(dòng)分割線-------------
突然覺(jué)得自己傻暴了......我是在conda的虛擬環(huán)境中安裝的R 3.6，卻一直沒(méi)想到用conda去安裝R包钠署，昨晚上突然回過(guò)味兒之后糠聪，一直困擾我的問(wèn)題就迎刃而解了！
這次我不管什么rgl和sf了谐鼎，直接去安裝matlib和adephylo：
$conda install r-matlib
$conda install r-adephylo
經(jīng)過(guò)一串的刷屏后舰蟆，包成功安裝!
- 所有的依賴包都已經(jīng)成功安裝，那么最后就是安裝
MTA自然也不會(huì)再出現(xiàn)什么問(wèn)題：
- 來(lái)個(gè)不成熟的總結(jié)
在conda虛擬環(huán)境中，若使用以往的方式去安裝包或者軟件身害，很容易就會(huì)遇到這個(gè)庫(kù)那個(gè)軟件無(wú)法訪問(wèn)的類(lèi)似問(wèn)題味悄，我把它歸結(jié)到conda虛擬環(huán)境與系統(tǒng)環(huán)境的兼容問(wèn)題上（可能就是不知道哪里的路徑出了啥妖蛾子），最直接的解決方法就是用conda去安裝Ｋ臁侍瑟！省去了惡心的編譯過(guò)程，當(dāng)然如果conda沒(méi)有提供相應(yīng)的軟件或者安裝包丙猬，那就沒(méi)的辦法了Ｕ茄铡！
-------------------總結(jié)是不成熟的---------
因?yàn)榉?wù)器昨天恢復(fù)至去年10月茧球，我還得重新安裝一下相應(yīng)的包庭瑰，不過(guò)沒(méi)關(guān)系，相信有了先前的經(jīng)驗(yàn)抢埋，這次一定會(huì)順風(fēng)順?biāo)?/p>
$conda create --prefix=/k11e/pvdisk/fastbase/Users/zhanghuanhuan/projects/conda_env R=3.6
#經(jīng)檢查弹灭，目前想要安裝MTA，我缺少的包有adephylo揪垄、fda穷吮、ggplot2、reshape2福侈、toOrdinal和matlib酒来，使用conda install一條命令即可解決問(wèn)題！
$conda install r-adephylo r-fda r-ggplot2 r-reshape2 r-toOrdinal r-matlib
最后將我提前下載好的MTA package 安裝一下就完成拉肪凛！
多簡(jiǎn)單！現(xiàn)在想想之前在那為解決報(bào)錯(cuò)抓耳撓腮真是蠢透了......
