軟件文獻https://academic.oup.com/jhered/article/90/4/502/860820
下載直接安裝即可,最新版本version 1.2.02 (16.II.1999),不知道有沒有其他較新軟件可用改化,或者軟件只是基于某個基礎理論供試進行計算的軟件潜沦。
軟件里的三個模型
輸入格式
軟件支持GENEPOP 格式
使用Genalex 可將Genalex可讀格式轉(zhuǎn)換為GENEPOP 格式,使用Genalex導出
軟件界面
add date file 導入轉(zhuǎn)換后GENEPOP 格式晒奕,選擇變異模型 闻书,Go 即可
由于SSR位點的數(shù)量及數(shù)量限制選擇不同的 mutation model,
少于20個位點使用 Wilcoxon’s test is the most appropriate
and powerful.
使用TPM
For most mi-crosatellites, the
TPM
(two-phase model)is apparently even more appropriate than
the
SMM
When using microsatellites we recom-
mend the TPM with 95% single-step mu-
tations and 5% multiple-step mutations
image.png
image.png
不知道對不同突變模型的中文是什么。
SMM one-step stepwise mutation model 逐步突變模型脑慧,或單步突變模型
IAM: infinite allele model 無限等位基因模型魄眉, 或
image.png
以下論文
[1]楊勝林,徐龍鑫,楊海兵,李愛萍.中國5個矮馬品種的瓶頸效應分析[J].中國畜牧獸醫(yī),2013,40(01):140-144.
位點多余20 使用 standardized differences test
少于20 使用 Wilcoxon’s test
現(xiàn)在是理解結果文件,結果文件是按不同群體進行劃分內(nèi)容的,一個群體一部分闷袒,群體內(nèi)計算的是不同TEST下的不同模型的一些情況