scHLAcount允許我們使用個(gè)性化的參考基因組計(jì)算HLA I類基因HLA-A曼库、B和C的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)愈诚；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1, DRB1, DQA1, DQB1邮绿≈蛞辏可以使用由替代方法確定的提供的HLA類型，也可以使用此工具分析HLA類型嗜浮，然后根據(jù)這些調(diào)用進(jìn)行量化羡亩。
scHLAcount可用于觀察HLA基因等位基因的特異性表達(dá)。通過(guò)將細(xì)胞特異性HLA計(jì)數(shù)mapping在t-SNE圖譜上危融，尋找單倍型完全缺失的簇畏铆，它還可以用來(lái)評(píng)估雜合性的缺失。一般的HLA表達(dá)損失也可以用scHLAcount來(lái)評(píng)估吉殃，并且在這個(gè)任務(wù)上比默認(rèn)的Cell Ranger表現(xiàn)得更好辞居，特別是當(dāng)樣本具有與參考不符的HLA單倍型時(shí)楷怒。
scHLAcount 是10X 官方出品，也是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘的另一個(gè)例子瓦灶，其實(shí)我們僅看HLA表達(dá)量的話鸠删，我們寫(xiě)過(guò)如何快速地從單細(xì)胞數(shù)據(jù)中觀察HLA基因表達(dá)模式
但是用scHLAcount可以分析HLA等位基因的情況，當(dāng)然是從bam文件中calling出來(lái)的贼陶。
這個(gè)也給我們釋放了一個(gè)信號(hào)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘越來(lái)越多要從比對(duì)結(jié)果BAM文件中來(lái)挖了刃泡。
github 地址： https://github.com/10XGenomics/scHLAcount
