Bioconda介紹
Bioconda是conda上一個分發(fā)生物信息的頻道救斑。而conda是最初為管理python包而建立的搭幻。以下是相關(guān)介紹：
“Conda is a portable package manager primarily for python and precompiled binaries. Miniconda is the base system of conda. It includes a standard python and a few required dependencies such as readline and sqlite. In conda, a channel contains a set of software typically managed by the same group.Bioconda is a channel of conda focusing on bioinformatics software. ”
Bioconda主頁：Using bioconda - Bioconda documentation
anaconda、miniconda和conda的區(qū)別：FAQs - Bioconda documentation
簡單說來：“conda is a package manager, Miniconda is the conda installer, and Anaconda is a scientific Python distribution that also includes conda.”
Bioconda的優(yōu)點是安裝簡單届榄，各個軟件依賴的環(huán)境一同打包且相互隔離，非常適合在服務(wù)器中建立自己的生物信息分析環(huán)境秦效。
安裝必須軟件
Demo示例
編譯成書
Customize our bookdown
_bookdown.yml
_output.yml
基本規(guī)則
插入并引用圖片(外部圖片)
插入并引用表格(外部表格)
插入并引用表格(內(nèi)部表格)
插入腳注
插入引文
準備Rmd文件
準備YML配置文件
其它定制
預覽生成的WEB文件
References
bookdown是著名R包作者謝益輝開發(fā)的，支持采用Rmarkdown (R代碼可以運行)或普通markdown編寫文檔涎嚼，然后編譯成HTML, WORD, PDF, Epub等格式阱州。樣式清新，使用簡單法梯，值得擁有苔货。
在Bookdown的官網(wǎng)，有很多免費的用bookdown寫的R書籍鹊汛，如Hadley Wickham等撰寫的《R for Data Science》蒲赂，Roger D. Peng撰寫的《R Programming for Data Science》, 陳總的《液體活檢口袋書》，益輝的《R語言忍者秘笈》刁憋，《單細胞數(shù)據(jù)整體分析流程》https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html (初學單細胞分析可以完全照著這個滥嘴，在學習過程中改進)。
還有很多基于Bookdown的教程至耻，一時也想不起來若皱，歡迎大家補充。我們前面轉(zhuǎn)錄組和R培訓的教案也是用bookdown寫作的尘颓，后續(xù)再調(diào)整下格式走触，出一批電子書和紙質(zhì)書，有意向和需求的歡迎聯(lián)系疤苹。
下面分2步講述互广，自己如何構(gòu)建一個Bookdown書籍，第一部分是通過bookdown示例了解其基本功能和使用卧土，第二部分是個人在使用過程中碰到的問題和解決方式惫皱。
基本使用
安裝必須軟件
Rstudio或Pandoc二選一, bookdown必須安裝。
Install Rstudio (version>1.0.0) (安裝和使用見Rstudio)
Install Pandoc (version>1.17.0.2)或者參照here尤莺。如果系統(tǒng)新妓布，可以直接使用系統(tǒng)自帶的yum或apt-get团滥；如果沒有權(quán)限或系統(tǒng)比較老，Pandoc的安裝可以使用conda谦炬，具體配置見Conda配置它匕，配置好運行conda install -c conda-forge pandoc即可安裝味抖。
In R install.packages("bookdown")
Demo示例
克隆或下載https://github.com/rstudio/bookdown-demo示例文件烤低，編譯成功后刑顺，依葫蘆畫葫蘆修改.
編譯成書
運行下載的示例中的bash _build.sh，_book目錄下就是成書.
The content of _build.sh is:
#!/bin/sh
Rscript -e "bookdown::render_book('index.Rmd', 'bookdown::gitbook')"
# 生成pdf需要安裝好latex粹污，如果不需要可以注釋掉
Rscript -e "bookdown::render_book(
